功能富集分析
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在打豆豆的小潘学长
这个作者很懒,什么都没留下…
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【R语言】富集分析可视化代码(整理版)
分别介绍了如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析、使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化、使用R clusterProfiler包和R AnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化等。故,我重新整理了一波,并补充了可对多个分组的富集结果进行可视化以及富集结果绘制圈图等的代码。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号,发送“富集分析3”获得完整代码包和演示数据。一、单组富集结果可视化。原创 2023-01-22 14:00:19 · 6837 阅读 · 8 评论 -
【R语言】——基因GO/KEGG富集分析!超级简单的保姆级教程!
GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择,使用R clusterProfiler包对基因进行富集,需要导入目的基因(前景基因)相对应物种的参考基因组(背景基因),现阶段“bioconductor”已有十几种常见动物,如人类、小鼠等物种的OrgDb。”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。:富集到该GO term/KEGG term中的基因数目/给定基因的总数目;原创 2023-01-09 16:08:35 · 28703 阅读 · 12 评论 -
【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化(保姆级教程)
上期“原来基因功能富集分析这么简单”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。注:DAVID导出来的“%”这列为“Gene ratio”;上面只展示“BP”的数据,其余“CC”和“MF”也是类似格式,故不一一列举。好了本次分享就到这里,下期将分享使用R clusterProfiler包对基因进行GO/KEGG功能富集分析,敬请期待。关注“在打豆豆的小潘学长”公众号,发送“富集分析1”获得完整代码包和演示数据。图5 KEGG富集分析柱状图。图6 KEGG富集分析气泡图。原创 2022-12-30 22:30:03 · 19099 阅读 · 4 评论 -
原来基因功能富集分析这么简单
因此,研究者可通过多个功能注释数据库对基因进行功能富集分析,将这一系列基因集分成不同的功能类别,从中寻找在生物学过程中起关键作用的生物学通路,从而揭示和理解这些生物学过程的基本及潜在的分子机制。事实上,分子水平的落脚点是在基因水平上,但是基因的种类有很多,而理解这些基因所代表的生物学意义的最佳途径就是。基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库是GO联合会在2000年构建的一个数据库,旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。原创 2022-12-21 15:06:16 · 4781 阅读 · 0 评论