聚类热图
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在打豆豆的小潘学长
这个作者很懒,什么都没留下…
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【R语言】——UpSetR包绘制集合图(保姆级教程)
上期“【R语言】——VennDiagram包绘制维恩图(Venn diagram)保姆级教程”介绍2-5个样本绘制维恩图的方法,但当样本超过5个时,常规维恩图可视化结果的直观性及数据的捕捉就很困难,甚是不友好。因此,可采用一种特殊的“维恩图”——集合图(upset plot)。集合图(upset plot),集合图不受样本数量的限制。可以更直观的显示各组数据之间的交互情况。可以更清晰的展示多个数据集的交集情况。原创 2022-12-17 22:52:17 · 7490 阅读 · 6 评论 -
【R语言】——VennDiagram包绘制维恩图(保姆级教程)
维恩图(Venn diagram),也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图,用于显示元素集合重叠区域的关系型图表,通过图形与图形之间的层叠关系,来反应数据集之间的相交关系。当前R语言中的VennDiagram包可用于2元到5元的图维恩绘制,而大于5元的情况这需要借助R语言的另一个R包——关注公众号,发送“Venn”获得完整代码以及演示数据包。UpsetR包(下期将做展示)。好了本次分享就到这里。原创 2022-12-15 22:51:56 · 31515 阅读 · 8 评论 -
【R语言】——相关性分析和热图绘制
一、什么是相关性分析?相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性的元素之间需要存在一定的联系或者概率才可以进行相关性分析。在组学测序(如转录组)中需设置多个生物学重复,而对多个生物学重复样本的相关性分析,可从中判断生物学重复样本数据是否可以用于接下来的分析。如有一生物学重复不一致的情况,可去除变异数据,预防某一重复数据不可用,进而影响实验数据的分析。常见的相关性分析方法有三种:皮尔森(pearson。原创 2022-12-12 14:59:25 · 28841 阅读 · 4 评论 -
【R语言】——绘制环形热图 4(保姆级教程)
1 数据准备数据输入格式(csv格式): 2 R包加载及数据导入3 环状热图绘制3.1 绘制普通热图 图1 绘制的普通热图3.2 基础环形热图绘制 图2 基础环状热图3.3 对环形热图进行调整与美化3.3.1 对环形热图进行初步调整图3 调整后的环形热图 3.3.2 对环形热图聚类树进行调整与美化 图4 聚类树调整与美化后的热图3.3.3 环形热图图例调整与列名添加 图5 环形热图图例调整与列名添加后的热图3.4 分组环形热图绘制3.4.1 单轨分组原创 2022-12-07 18:48:20 · 8490 阅读 · 0 评论 -
【R语言】——聚类热图行列分组信息注释热图2
数据输入格式(csv格式):3 分组热图的绘制首先需要对分组对象进行注释,随后使用“annotation_row”、“annotation_col”、“annotation_colors”、“annotation_legend”、“annotation_names_row”和“annotation_names_col”分别对行和列进行注释、行和列注释的颜色、图例信息注释显示、行和列注释的名称显示 图1 行分组后热图 图2 行和列注释的热图 图3 多条件分组注释的原创 2022-12-04 22:10:01 · 6213 阅读 · 0 评论 -
【R语言】——pheatmap包绘制聚类热图1(保姆级教程)
通常,热图是对所获得的数据或其他因素进行归一化处理后,用颜色的变化来直观表示不同样本间的变化情况。本质上其是由一个个用预设颜色表示数值大小的小方格组成的数据矩阵,并通过对因子或样本的聚类,观察不同样品数据间的相似性。常用的绘图软件:origin,excel,Tbtools,GraphPadPrismR语言绘制聚类热图的R包:pheatmap,heatmap,corrplot,complexHeatmap 其中,pheatmap是R语言中使用最广泛的用于绘制聚类热图的绘图包。使用该绘图包可以帮助我原创 2022-12-04 21:56:32 · 15534 阅读 · 2 评论