转录组功能分析数据库及富集分析

一、KEGG

1、http://www.genome.jp/kegg/，京都基因与基因组百科全书；某基因、转录本参与的具体生物学通路情况

2、分类

3、KEGG详细解读：

• 各功能模块描述

一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图 - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/96008506

• 通路查询

 如何从KEGG数据库找到想要的通路？ - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/401700324

4、运用：基因集GSEA分析，差异基因KEGG功能富集分析 

 二、GO

1、GO/Gene Ontology 基因本体论, http://www.geneontology.org，由基因本体论联合会建立，对基因、蛋白功能进行统一限定和描述。通过GO富集分析可粗略了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。

2、分类：

BP：Biological Process，生物过程

MF：Molecular Function，分子功能

CC：Cellular Component，细胞组分

三、Hallmark geneset 效应特征基因集：该类别包含多个已知基因集构成的超基因集，每个类别的基因集都对应多个基础的其他类别的基因集。

四、运用：基因集GSEA、GSVA，差异基因功能富集分析，单细胞佐证亚群分群

上述基因集都在MSigDB数据库中，也是进行GSEA的必用基因集数据库

• GSEA官网：GSEA | Login (gsea-msigdb.org)http://www.gsea-msigdb.org/gsea/login.jsp;jsessionid=F4F18E65C6B7F24A66CF1B9A3393165D
• MSigDB数据库介绍