宏基因组/组学分析
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Ming314!
这个作者很懒，什么都没留下…
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宏基因组中的病毒组分析（4）CoverM计算RPKM
CoverM v0.6.1 是一款专注于宏基因组学应用的覆盖度计算工具。它基于映射（mapping）技术，通过读取和分析比对（mapping）结果来评估一组contigs或genomes的覆盖情况。原创 2024-09-01 18:09:50 · 1311 阅读 · 0 评论 -
宏基因组中的病毒组分析（3）CD-HIT聚类vOTU
CD-HIT作为一种高效的生物信息学工具，在基因组和转录组研究中发挥着重要作用。其优点在于高效、可扩展、精度高，并支持多种文件格式和丰富的输出信息。然而，其比对方式的限制可能导致结果在某些情况下不够全面或细致。因此，在实际应用中，需要根据具体需求选择合适的工具和方法，以获得最佳的分析效果。原创 2024-08-30 18:18:41 · 1267 阅读 · 0 评论 -
宏基因组中的病毒组分析（2）checkV评估病毒基因组的质量
CheckV 是一个完全自动化的命令行工具，主要用于评估单重叠群（contig）病毒基因组的质量，包括识别整合原病毒中的宿主污染、估计基因组片段的完整性以及识别封闭基因组。原创 2024-08-30 10:36:35 · 1212 阅读 · 0 评论 -
宏基因组元素循环分析（1）NCycDB数据库的使用
宏基因组中的元素循环分析：利用NCycDB和seqkit分析宏基因组中氮循环相关基因原创 2024-08-29 18:41:29 · 1146 阅读 · 0 评论