宏基因组中的病毒组分析（3）CD-HIT聚类vOTU

宏基因组中的病毒组分析：

第一步：宏基因组中的病毒组分析（1）病毒序列的鉴定geNomad-CSDN博客

第二步：宏基因组中的病毒组分析（2）checkV评估病毒基因组的质量-CSDN博客

第三步：采用CD-HIT进行聚类得到vOTU

CD-HIT（Cluster Database at High Identity with Tolerance）是一个广泛使用的生物信息学工具，主要用于对蛋白质或核酸序列进行聚类。它能够快速有效地找出相似的序列，并将其归为同一簇，极大地减少了数据的复杂性，帮助研究人员在大规模基因组和转录组数据中找到重复和模式。CD-HIT的核心特性在于其优化的算法，能够在保持高精度的同时实现高速度。 

1、工作原理

CD-HIT基于增量聚类算法，通过用户定义的相似性阈值来进行序列聚集。在默认模式下，序列仅和每个聚类中的代表性序列（通常是这类中的最长序列）进行比较，而不和聚类中的其他序列进行比对。代表性序列的选择是算法的关键步骤，因为后续的序列都将与这些代表序列进行比对。

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