1. mobaXTerm 登录问题
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问题
之前帐号设置后,输入密码,显示access denied -
原因
帐号设置有误 -
解决方案
在设置一个新的sessions时,在Basic SSH settings栏中,依次需要设
置,如下,
例如:SSH usernames@10.1.1.1
设置:1)Remote host:IP地址,即10.1.1.1 2)Specify usernames:usernames 3)Port:默认值 22
2. mobaXterm操作
- 使用scp命令传输文件
- 可以直接 apt-get 安装vim等常用功能(或者官网下载插件),实现在windows下模拟linux环境,这样就可以使用vi命令准备INCAR文件,也可以使用
3. mobaXTerm 教程
4. 非root用户安装软件
5. nohup命令及在终端关闭,后台执行命令操作
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nohup:将程序忽略挂起信号方式执行(即在关闭前台终端后,命令依旧可以在后台终端服务器上进行运转)
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[root@localhost ~]# nohup [命令] &
**注:**这里的‘&’表示此命令会在终端后台工作;反之,如果没有‘&’,则表示此命令会在终端前台工作。 -
nohup后端运行报错
1)报错nohup:ignoring input and appending output to "nohup.out"
2)解决方法
1.使用nvidia-smi或tail -fn 50 nohup.out检查一下程序是否在运行
2.nvidia-smi显示找不到,而tail -fn 50 nohup.out显示该网站没有证书
6. wget 下载工具及其命令详解
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报错
wget获取https地址报错 --no-check-certificate
解决方法:
在wget后面加上 --no-check-certificate即可
7. ln命令
8.在不解压gz文件的情况下,查看gz文件前后一定行数
9. 查看某一序列的重复次数
10.Shell脚本常用命令
11.Vim的使用
12.shell中的“&&”和“|”
A && B:A命令运行成功后,再执行B命令
在shell中,A命令运行后会返回一个返回值,并保存在变量?==中, 当?==0时,则表示运行成功,当?==非0时,则运行失败,下一个命令接收到这个返回值,如果是0,则继续运行下一个命令。
A | B:A命令运行成功后的输出值作为B命令的输入值,再进行运行。
13.echo和eval命令的使用
14.qsub提交任务及状态
qsub汇总
qsub
top命令监测内存CPU使用情况
逻辑CPU和物理CPU
投递任务到节点上
1.了解每个任务到底需要多少内存:可以自己写脚本,先跑一个做测试,监测自己任务的运行最大内存消耗,确定好之后再批量提交
2.在服务器提交任务之前应养成看节点占用情况的习惯,然后将任务提交到free的节点,避免任务一直在队列中等待的情况,查看占用情况有下面两种方式。
toptop命令监测内存CPU使用情况
自己的脚本来监测cpu和mem使用情况
3.在qsub提交任务时,设置内存vf=xG
15.error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
问题:/share/home/XXXXXXXXX/software/R-4.1.2/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
解决方案:export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
linux动态链接库的查找方法
16. /usr/bin/ 和 /usr/local/bin/区别
/usr/bin/ :是系统存在一些应用程序的打开方式
/usr/local/bin/:是用户自己存的应用程序的启动方式
17.系统中的python版本问题(20211121)
目前集群和我自己的帐号底下中存在两个python版本,一个是系统自带的python2.7(在/usr/bin/中),还有一个是root安装的python3.8(在/usr/local/bin/中)
python2.7 | python3.8 |
---|---|
python | python3/pip3 |
要注意自己安装的软件是基于哪个版本的python进行安装的,再指定对应的python路径
18.找不到R的动态链接库:libgfortran.so.3
看了很多方法
确实只有这个最靠谱
去node01看了一下/usr/lib64/目录下确实没有libgfortran.so.3
提交的计算节点没有这个动态链接库,需要将所需的动态链接库复制到自己的目录下
linux下找不到链接库—改变环境变量"export LD_LIBRABRY_PATH"
19.防火墙问题
开启防火墙:systemctl start firewalld
关闭防火墙:systemctl stop firewalld
查看防火墙状态:systemctl status firewalld
20.Anaconda的安装与环境设置
常用命令:
- 安装软件
- 创建环境—激活环境
- 将conda及别的软件安装后都软链接到$HOME/.soft 目录下
conda常用命令
conda的安装与使用
21.shell脚本中激活conda环境变量
在shell脚本中输入if语句,来export conda.sh的绝对路径