Linux 问题与解决方案

1. mobaXTerm 登录问题

1. 问题
   之前帐号设置后，输入密码，显示access denied

2. 原因
   帐号设置有误

3. 解决方案
   在设置一个新的sessions时，在Basic SSH settings栏中，依次需要设
   置，如下，
   例如：SSH usernames@10.1.1.1
   设置：

   1）Remote host：IP地址，即10.1.1.1
   2）Specify usernames：usernames
   3）Port：默认值 22
   

   

2. mobaXterm操作

1. 使用scp命令传输文件
2. 可以直接 apt-get 安装vim等常用功能(或者官网下载插件)，实现在windows下模拟linux环境，这样就可以使用vi命令准备INCAR文件，也可以使用

3. mobaXTerm 教程

moba

4. 非root用户安装软件

流程

5. nohup命令及在终端关闭，后台执行命令操作

1. nohup：将程序忽略挂起信号方式执行（即在关闭前台终端后，命令依旧可以在后台终端服务器上进行运转）

2. [root@localhost ~]# nohup [命令] &
   **注：**这里的‘&’表示此命令会在终端后台工作；反之，如果没有‘&’，则表示此命令会在终端前台工作。

3. 参考网页

4. nohup后端运行报错
   1)报错

   nohup:ignoring input and appending output to "nohup.out"
   

   2）解决方法
   1.使用nvidia-smi或tail -fn 50 nohup.out检查一下程序是否在运行
   2.nvidia-smi显示找不到，而tail -fn 50 nohup.out显示该网站没有证书

6. wget 下载工具及其命令详解

1. 参考网页

2. 报错

   wget获取https地址报错 --no-check-certificate
   

   解决方法：

    在wget后面加上 --no-check-certificate即可
   

7. ln命令

ln

8.在不解压gz文件的情况下，查看gz文件前后一定行数

gz文件查看方式

9. 查看某一序列的重复次数

四种方法查找指定字符并统计次数

10.Shell脚本常用命令

Shell脚本_Handbook

11.Vim的使用

1. vim的窗口介绍与热键添加

12.shell中的“&&”和“|”

A && B：A命令运行成功后，再执行B命令
在shell中，A命令运行后会返回一个返回值，并保存在变量？==中， 当？==0时，则表示运行成功，当？==非0时，则运行失败，下一个命令接收到这个返回值，如果是0，则继续运行下一个命令。
A | B：A命令运行成功后的输出值作为B命令的输入值，再进行运行。

13.echo和eval命令的使用

使用方法

14.qsub提交任务及状态

qsub汇总
qsub
top命令监测内存CPU使用情况
逻辑CPU和物理CPU
投递任务到节点上
1.了解每个任务到底需要多少内存：可以自己写脚本，先跑一个做测试，监测自己任务的运行最大内存消耗，确定好之后再批量提交
2.在服务器提交任务之前应养成看节点占用情况的习惯，然后将任务提交到free的节点，避免任务一直在队列中等待的情况，查看占用情况有下面两种方式。
toptop命令监测内存CPU使用情况
自己的脚本来监测cpu和mem使用情况

3.在qsub提交任务时，设置内存vf=xG

15.error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

问题：/share/home/XXXXXXXXX/software/R-4.1.2/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
解决方案：export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
linux动态链接库的查找方法

16. /usr/bin/ 和 /usr/local/bin/区别

/usr/bin/ ：是系统存在一些应用程序的打开方式
/usr/local/bin/：是用户自己存的应用程序的启动方式

17.系统中的python版本问题（20211121）

目前集群和我自己的帐号底下中存在两个python版本，一个是系统自带的python2.7（在/usr/bin/中），还有一个是root安装的python3.8（在/usr/local/bin/中）

python2.7	python3.8
python	python3/pip3

要注意自己安装的软件是基于哪个版本的python进行安装的，再指定对应的python路径

18.找不到R的动态链接库：libgfortran.so.3

看了很多方法
确实只有这个最靠谱
去node01看了一下/usr/lib64/目录下确实没有libgfortran.so.3
提交的计算节点没有这个动态链接库，需要将所需的动态链接库复制到自己的目录下
linux下找不到链接库—改变环境变量"export LD_LIBRABRY_PATH"

19.防火墙问题

开启防火墙：systemctl start firewalld

关闭防火墙：systemctl stop firewalld

查看防火墙状态：systemctl status firewalld

20.Anaconda的安装与环境设置

常用命令：

1. 安装软件
2. 创建环境—激活环境
3. 将conda及别的软件安装后都软链接到$HOME/.soft 目录下
   conda常用命令
   conda的安装与使用

21.shell脚本中激活conda环境变量

在shell脚本中输入if语句，来export conda.sh的绝对路径

22.grep命令及参数介绍（含正则表达式）

grep命令