单细胞分群稳定性评估——聚类效果评估

灵魂三问：
why？
what?
How?

1. 评估分群稳定性的目的

	单细胞降维聚类算法是一个多参数影响的过程，其中最大的影响因素是找到的高可变基因，这一步相当于是特征提取，奠定了整个聚类分群的基调；那么其次的影响因素则是PC维度的选择，这是在做特征提取后进行的特征提取，相当于在之前的基础上再去提取主要的特征框架。剩下的参数，如distance，spread这些主要影响的是最后分群的可视化效果，resolution则主要改变的是我们分群的个数。
	只要参数改变，我们的分群结果就会改变。但从另一个角度来说，分群的本质是找到每个细胞对应的label，每个细胞所拥有的生物学身份是客观存在的，那么一定是有一个相对正确的版本来反应这些细胞正确的身份。所以我们需要找到一个相对稳定的分群版本来让自己和读者信服我的分群是正确且合理的。这时候就需要我们去评估现有分群的稳定性，而这个稳定性的评估又分为两个方面，1）群内一致性；2）群间异质性。
	不过，对于分群结果的确定，至关重要的一点是生物学问题。比如在正常的情况下，是否应该被分为这些群，对于自己的数据预期的分群有哪些？最终结果中有哪些分群，为什么没有出现预期分群，原因是什么？不要脱离背景聊数据。

2. 评估分群稳定性的方法

（整理自实验室所用过的方法）

1. 相关性分析
2. SC3
3. SCCAF