高精度量子化学计算

在对分子构象进了充分的抽样之后，就可以在其中随机抽取若干构象进行高精度量子化学计算。sander程序得到的轨迹文件后缀名是.nc，使用MDAnalysis这个工具包，就可以在Python中读取对应的坐标文件。例如，使用下面的脚本就可以将nc文件中的坐标转换为numpy数组：

代码如下：

import numpy as np

import MDAnalysis as mda

parmfile = 'cba.prmtop'

nfile = 4

xyz = []

for idx in range(nfile):

    ncfile = 'cba_metad_mw' + str(idx)+'.nc'

    print(ncfile)

    u = mda.Universe(parmfile,ncfile)

    print(u.trajectory)

    for ts in u.trajectory:

        r = ts.positions

        xyz.append(r.copy())

xyz = np.array(xyz)

np.savez('cba_metad.npz',R=xyz)

之后我们需要随机抽取一定数量的构象，我们用Python脚本随机选取一定的数量的构象并保存为xyz格式：

代码如下：

import os

import numpy as np

dataname = 'cba_metad.npz'

data = np.load(dataname)

R = data['R']