NIRS-KIT近红外脑成像数据分析工具

1 引言
NIRS-KIT（Hou et al., 2021）是一个基于MATLAB 的跨平台工具箱，用于任
务态和静息态fNIRS 数据分析，具有用户友好的GUI。该工具箱包含了整个数
据分析流程，包括原始数据格式转换、数据预览和数据质量检查、预处理、个
体水平分析、组水平统计和结果可视化。
该工具箱已在安装了MATLAB 的各种操作系统下成功测试，包括Windows、
Linux 和Mac OS 系统。
参考文献：
Hou, X., Zhang, Z., Zhao, C., Duan, L., Gong, Y., Li, Z., Zhu, C., 2021. NIRS-KIT: a MATLAB
toolbox for both resting-state and task fNIRS data analysis. Neurophotonics 8.
https://doi.org/10.1117/1.NPh.8.1.010802
Copyright © 2019, Xin Hou, Zong Zhang, Chaozhe Zhu. National Key Laboratory of Cognitive
Neuroscience and Learning, IDG/McGovern Institute for Brain Research, Beijing Normal
University, Beijing, 100875, China.

2 安装和启动
2.1 安装要求
Matlab：Matlab R2012a 或更高版本；
NIRS-KIT：下载网址：https://www.nitrc.org/projects/nirskit/；
SPM12：如果Matlab 搜索路径中没有SPM12（可以在Matlab 命令窗口中键
入“which spm”进行确认），需要添加；
下载网址：https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm12/。
2.2 安装
-解压NIRS-KIT 文件夹，并将其添加到Matlab 搜索路径。在Matlab 文件->
设置路径->添加子文件夹；
-然后选择NIRS-KIT 目录；
-单击“Save”，然后“Close”；
如果Spm12 不在Matlab 搜索路径中，则对其执行相同的操作。
2.3 启动
需启动NIRS-KIT，在Matlab 命令窗口中键入（必须使用大写字母）；
>> NIRS_KIT
然后，NIRS-KIT 的GUI 界面（图2.1）会出现在屏幕上。

图2.1 NIRS-KIT 的主界面

3 NIRS-KIT 概述
NIRS-KIT 有两个主要分析模块：静息态fNIRS 分析模块和任务态fNIRS 分析
模块（图2.1）。NIRS-KIT 的fNIRS 数据分析流程如图3.1 所示。该流程包括
fNIRS 数据分析的常见和必要的处理步骤，数据准备、数据质量检查、预处理、
个体水平分析、群组水平统计和结果可视化。
对于静息态fNIRS 的个体水平分析、支持FC 分析、ALFF 和FALF，以及基
于图论的网络分析，以研究大脑网络的复杂拓扑特性（如局部或全局效率）。在
任务态fNIRS 的个体水平分析中，使用一般线性模型（GLM）来检测任务激活。

图3.1 NIRS-KIT 中的主要处理流程。FC 功能连接性；GLM 一般线性模型；ALFF 低频
振荡振幅；和fALFF，分数阶ALFF

4 任务态fNIRS 数据分析
NIRS-KIT 中的任务态fNIRS 模块（图4.1）提供数据准备、数据质量检查、
预处理、个体水平激活分析、群组水平统计和结果可视化等主要功能。

图4.1 任务态fNIRS 模块主界面

4.1 数据准备
在fNIRS 实验中得到不同的数据，首先需要将数据导入分析工具包。最重
要的数据是原始fNIRS 信号时间序列，是氧合血红蛋白（HbO）、脱氧血红蛋白
（HbR）和/或总血红蛋白（HbT）的相对浓度变化。此外，对于信号数据系列，
fNIRS 记录的空间信息（主要包括二维（2D）或三维（3D）中的光极和通道位
置）对于某些分析、结果可视化、数据共享和发布也非常重要。因此，我们设计

了NIRS-KIT 数据格式[使用数据准备模块（图4.1）存储在MATLAB.mat 文件
中]，该格式不仅包括时间序列信号，还包括MNI 坐标中关于光极组几何结构
和发射光极、接收光极和通道位置的标准坐标的空间信息。

图4.1 NIRS-KIT 数据准备主界面