conda基础操作，下载软件

1、conda的基础

基于linux中的conda的安装 见：

$ conda info --envs
#查看环境

$ conda create -n 环境名称
#创建环境

$ conda activate 环境名称
#激活环境

$ conda deactivate
#关闭环境

$ conda list
#该环境下，安装的软件

有关安装包的conda命令 

$ conda install <包名> 安装指定包
$ conda remove <包名> 移除指定包
$ conda update <包名> 更新指定包

用conda安装软件包时，从下方网址搜索需要的安装包 Package repository for anaconda :: Anaconda.org

例如:fastqc软件的搜索，并按照所给出的指令，进行下载

Fastqc :: Anaconda.org

$ conda install -c bioconda fastqc
#命令行直接输入，就可以下载相应的软件

注意：下载中有询问，一律输入"y"，继续进行 

2、配置镜像

镜像指的是：可以通过这些渠道（channels）下载我们所需的软件，conda会自带自己的渠道（channels），我们可以配置一些渠道，一般国内的镜像下载会比较快一些。我们添加清华和中科大的镜像即可。下载相关的软件时可以指定镜像。

查看现有镜像：

$ conda config --show channels
#查看现有的镜像

 >>现在只有默认的镜像

添加镜像：

添加清华源:

$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#命令行直接输入，添加镜像，此处添加清华源

# 显示检索路径，每次安装包时会将包源路径显示出来
$ conda config --set show_channel_urls yes
#询问yes，总是回答是
$ conda config --set always_yes True  

 此外，还有其它镜像

# 中科大镜像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/

# 阿里镜像源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

# 豆瓣的源
conda config --add channels http://pypi.douban.com/simple/ 

 移除conda镜像：

$ conda config --remove channels 镜像链接

3.检查是否安装成功

$ fastqc --help

出现帮助文件，即为安装成功

注意：conda中的软件只有在相应的环境下才能使用，如果没有出现帮助软件，请先检查是否进入环境。进入环境会有标识（此时进入的环境名称为Mb13） 

 创建好了自己的环境，并且下载了FastQC软件，那接下来我们学习软件FastQC应用~