系统发生分析1——经典序列分析

2023年，《Plos one》发表综述文章，概述了一系列DNA和蛋白质数据库，以及用于系统发育重建和广泛的分子进化研究的生物信息学工具，为蛋白质和基因进化研究的初学者和高级探索者提供实用指

核酸数据库

Database	Features
BAR	植物基因和蛋白质数据库 http://bar.utoronto.ca/
Bgee	基因表达模式 https://bgee.org/
Ensembl	脊椎动物基因组浏览器，包括用于识别同源性的工具 https://www.ensembl.org/index.htm
Entrez	基因序列和结构https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html
FlyBase	黑腹果蝇模型昆虫的基因组和蛋白质组https://flybase.org/
GeneCards	人类基因功能、基因组学、转录因子结合位点和蛋白质产物 https://www.genecards.org/
GenBank	注释DNA序列 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
NCBI	分子生物学和医学数据库的集合，提供许多生物信息学工具和服务 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
PomBase	模式酵母S.pombe的基因组和蛋白质组 https://www.pombase.org/
TAIR	模式植物拟南芥的基因组和蛋白质组 https://www.arabidopsis.org/
WormBase	秀丽隐杆线虫模型的基因组和蛋白质组https://wormbase.org//#012-34-5
Xenbase	模式两栖动物X.laevis的基因组和蛋白质组 http://www.xenbase.org/entry/

蛋白数据库

Database	Features
CATH	根据结构、功能和进化对蛋白质结构域进行分类 https://www.cathdb.info/
FSSP	根据结构相似性对蛋白质结构域进行分类 http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/ -wgetz?-page+LibInfo±id+5Ti2u1RffMj±lib+FSSP
Gene Ontology	统一注释蛋白质的分子功能、生物过程 和细胞成分 http://geneontology.org/
Human ProteinAtlas	关于人类蛋白质及其与疾病联系的信息 https://www.proteinatlas.org/
InterPro	蛋白质结构域和功能位点的分类 https://www.ebi.ac.uk/interpro/
KEGG	蛋白质功能和生物途径 https://www.genome.jp/kegg/
PDB	蛋白质的三维结构 https://www.rcsb.org/
Pfam	关于蛋白质家族和结构域的信息 http://pfam.xfam.org/
PHAROS	集中人类蛋白质文献 https://pharos.nih.gov/
PRINTS	蛋白质指纹图谱分类数据库 http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser -/PRINTS/
PROSITE	蛋白质家族数据库 https://prosite.expasy.org/
SCOP	根据结构、功能和进化对蛋白质结构域进行分类 https://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/
SUPERFAMILY	蛋白质结构和功能 https://supfam.org/
UniProt	蛋白质的一般信息，包括序列、结构、分类、功能、亚细胞定位和简单的同源性鉴定 https://www.uniprot.org/uniprot/

用于识别基因和蛋白质同源物的生物信息学工具

Database	Features
BLAST	在 NCBI 中进行蛋白质或 DNA 同源搜索 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
BLAT	动物基因组中的蛋白质或 DNA 同源搜索 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
Ensembl	脊椎动物基因组浏览器，包括用于识别同源性的工具 https://m.ensembl.org/index.html
FASTA	蛋白质或 DNA 同源搜索和序列比对 https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/
HMMER	基因和蛋白质同源性搜索 http://hmmer.org/
Pfam	蛋白质家族和结构域，包括用于识别同源性的工具 http://pfam.xfam.org/
SSAHA	DNA 序列搜索和比对 https://www.sanger.ac.uk/tool/ssaha/
UniProt	蛋白质的一般信息，包括用于识别相似性的工具 https://www.uniprot.org/uniprot/

多序列比对工具

Software	Features
BAli-Phy	使用 BI 对核苷酸和氨基酸序列进行多序列比对和系统进化分析 http://www.bali-phy.org
CLUSTAL Omega*	针对核苷酸或氨基酸数据的快速多序列比对 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
CLUSTALW*	核苷酸或氨基酸数据的多序列比对 https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw
CONTRAlign(ProbCons)	以准确性为导向的氨基酸数据多序列比对 http://contra.stanford.edu/contralign/
Kalign*	针对核苷酸或氨基酸数据的快速多序列比对 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/kalign/
MAFFT*	核苷酸或氨基酸数据的多序列比对 https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/
MUSCLE*	核苷酸或氨基酸数据的多序列比对 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
PASTA	针对核苷酸或氨基酸数据的快速多序列比对，专为超大数据集而设计 https://bioinformaticshome.com/tools/msa/descriptions/PASTA.html
PRANK/WebPRANK*	核苷酸或氨基酸数据的多序列比对，应优先考虑近似序列 http://wasabiapp.org/software/prank/ https://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/webprank/
SATe	关于基因编码蛋白质潜在靶标的信息 https://phylo.bio.ku.edu/software/sate/sate.html
T-COFFEE*	核苷酸和氨基酸序列的多序列比对 http://tcoffee.crg.cat/
UPP	针对核苷酸或氨基酸数据的快速多序列比对，专为超大数据集而设计 https://github.com/smirarab/sepp

序列比对剪切工具

Software	Features
AliStat	量化比对完整性，以优化比对 https://github.com/thomaskf/AliStat
BMGE	在多序列比对中选择信息区域 https://gitlab.pasteur.fr/GIPhy/BMGE
GBlocks	在多序列比对中选择信息区域 http://molevol.cmima.csic.es/castresana/ -Gblocks.html
Guidance 2*	在多序列比对中选择信息区域 http://guidance.tau.ac.il/
Noisy	在多序列比对中选择信息区域 http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/noisy/
trimAl	在多序列比对中选择信息区域 nts http://trimal.cgenomics.org/

分子进化模型选择工具

Software	Features
ModelFinder	基于位点(核苷酸、氨基酸、密码子)间速率异质性模型的快速模型选择方法 Implemented in IQ-Tree
ModelTest /jModelTest	核苷酸替代模型选择 http://evomics.org/resources/software/ molecular-evolution-software/modeltest/
PartitionFinder 2	分子进化模型选择 http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/
ProtTest	氨基酸替代模型选择（核苷酸、氨基酸） https://github.com/ddarriba/prottest3
SMS	PhyML中包含的核苷酸或氨基酸模型选择（核苷酸、氨基酸） http://www.atgc-montpellier.fr/sms/

使用距离法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯推理进行系统发育分析的工具

Software	Features
APE	基于距离方法的分子系统发育R编写包http://ape-package.ird.fr
BAli-Phy	基于BI的系统发育推断 http://www.bali-phy.org
BayesTraits	使用BI进行系统发育推理和其他进化分析 http://www.evolution.reading.ac.uk/-BayesTraitsV4.0.0/BayesTraitsV4.0.0.html
FastMe*	基于距离方法的系统发育推理 http 😕/www.atgc-montpellier.fr/fastme/
GARLI	使用ML进行系统发育推理 http 😕/evomics.org/resources/software/molecular-evolution-software/garli/
HYPHY*	使用ML和距离方法进行系统发育推理 https 😕/www.hyphy.org/
IQ-TREE*	使用 ML 进行系统发育推断，包括模型选择和快速引导法 http 😕/www.iqtree.org/
MEGA	序列比对、模型选择、使用距离法、MP 和 ML 进行系统进化分析以及其他进化分析 https://www.megasoftware.net/
MrBayes	使用BI和各种进化分析进行系统发育推断，包括祖先重建和时间校准 http://nbisweden.github.io/MrBayes/
PAML	使用ML进行系统发育推断、选择强度估计、祖先重建和其他进化分析 http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
PAUP	使用 MP 和 ML 进行系统发育推断 http://paup.phylosolutions.com/
PHYLIP	利用MP、距离法和ML进行系统发育推理 https 😕/evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
PhyloBayes	使用特定概率模型使用BI对蛋白质数据进行系统发育推断 http 😕/www.atgc-montpellier.fr/phylobayes/
PhyML*	基于机器学习的系统发育推断、祖先重建和各种进化分析 http://atgc.lirmm.fr/phyml/
PyCogent	系统发育推理、树形图绘制、各种进化分析，包括分区模型和祖先重建 https 😕/github.com/pycogent/pycogent
RAxML*	使用ML进行系统发育推理 https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/
SeaView	利用MP、NJ和ML进行序列比对和系统发育推断 http://doua.prabi.fr/software/seaview
SplitsTree	无根树和系统发育网络的系统发育推断 https 😕/uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/-algorithms-in-bioinformatics/software/splitstree/

系统发育树图形可视化和注释工具

Software	Features
ETEToolkit	系统发育树的可视化与分析 http://etetoolkit.org/
FigTree	系统发育树图形软件 https://github.com/rambaut/figtree/releases
ITOL*	系统发育树的可视化和注释 https://itol.embl.de/
MEGA	序列比对、模型选择、系统发育分析，包括树可视化和注释工具 https://www.megasoftware.net/
SeaView	序列比对和系统发育推断，包括树可视化和注释工具 http://doua.prabi.fr/software/seaview

用于系统发育分析和进化研究的软件包

Software	Features
Bio++	系统发育分析软件包 https://github.com/BioPP
CIPRES	进化研究资源，包括序列比对、模型选择和系统发育推断程序 https://www.phylo.org/
HyPhy	系统发育分析软件包 https://www.hyphy.org/
Geneious	NGS数据组装和多样化进化研究平台 https://www.geneious.com/
NGPhylogeny	集成了多种系统发育分析方法和工具的工作流程 https://ngphylogeny.fr
Phylemon2	用于分子进化、系统发育学、系统基因组学和假设检验的web工具 http://phylemon.bioinfo.cipf.es/index.html

用于补充系统发育分析的各种进化分析的工具和数据库

Software	Features
Arlequin	群体遗传学分析 http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/
BayesTraits	基于贝叶斯推理的进化分析 http://www.evolution.reading.ac.uk/BayesTraitsV4.0.0/BayesTraitsV4.0.0.html
BEAST	使用BI进行多样化的进化分析，包括系统发育树的时间校准 http://www.beast.community
CAFE	基因家族进化 https://github.com/hahnlab/CAFE5
CoGE	比较基因组学分析 https://genomevolution.org/coge/
Copycat	共同进化研究 http://www.cophylogenetics.com/
CoRe-PA	共同进化研究 http://pacosy.informatik.uni-leipzig.de/49-1-CoRe-PA.html
DNAsp	DNA多态性分析 http://www.ub.edu/dnasp/
Genepop	群体遗传学分析 https://genepop.curtin.edu.au/
HGT-Finder	水平基因转移发现 https://github.com/yinlabniu/HGT-Finder
IQ-TREE,IQ-TREE2	祖先重建 http 😕/www.iqtree.org/
Jane	共同进化研究 https://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/
LSD	系统发育树的时间校准 http 😕/www.atgc-montpellier.fr/LSD/
Mesquite	比较分析和统计 http://www.mesquiteproject.org/
Ohnologs	源自全基因组复制的脊椎动物同源基因数据库 http://ohnologs.curie.fr/
PyCogent	大量进化分析，包括分区模型和系统进化分析、树形图绘制和祖先重建 https 😕/github.com/pycogent/pycogent
RASP	祖先重建 http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP/index.html
SNiplay	SNP检测和其他群体遗传学分析 https://sniplay.southgreen.fr/cgi-bin/home.cgi
TimeTree	系统发育树的剪切校准 http://www.timetree.org/
TreeMap	用于研究共同进化的软件 https://sites.google.com/site/cophylogeny/treemap

蛋白质结构分析工具

Software	Features
Alpha fold	从氨基酸序列预测蛋白质结构 https://alphafold.ebi.ac.uk/
FoRSA	从氨基酸序列预测蛋白质结构 http://www.bo-protscience.fr/forsa/
HHPred	从氨基酸序列预测蛋白质结构 https://toolkit.tuebingen.mpg.de/tools/hhpred
I-TASSER	从氨基酸序列预测蛋白质结构 https://zhanglab.dcmb.med.umich.edu/I-TASSER/
PyMOL	分子的三维可视化 http://www.mesquiteproject.org/ https://pymol.org/2/

参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/gmGfXjJy3ATi79Otffs5PQ