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文献分享:《宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识》
宏基因组测序(mNGS)在新发突发传染病以及常规检验阴性的感染性疾病诊断中发挥了重要作用。近期,国内相继发表了多个共识阐述了临床应用及实验室规范,但生物信息分析程序及方法也是mNGS重要环节,而目前学界尚未有一致的认识。为提高临床对mNGS结果的理解,本共识根据国内外的发展现状,结合国内测序实验室常规做法,阐述生物信息学分析的规范化管理内容。转载 2024-04-25 20:05:14 · 204 阅读 · 0 评论 -
文献分享:《病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识》
传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序技术 (metagenomic next-generationsequencing,mNGS) 可以不基于假设、无偏倚地检测疑似感染患者标本中的病原微生物,扩大病原体检测种类,缩短检测时间,提供可用于患者诊断、制定治疗方案的关键信息,有效提升感染性疾病的诊疗水平,助力抗菌药物合理应用;还有助于解决新发、罕见、疑难病原体的漏检问题。mNGS在很大程度上提高了临床疑难危重感染、罕见和新发病原体感染的诊断水平和救治能力。转载 2024-04-24 19:18:33 · 204 阅读 · 0 评论 -
文章分享《实验室自建肿瘤全景变异检测性能确认中国专家共识(2024版)》
CGP NGS检测的性能确认记录文档,应包含整个检测流程的标准操作规程文件,包括样本采集与处理、文库制备、测序、数据分析、性能确认结果报告等过程描述。实验人员需应严格遵循标准操作规程。转载 2024-05-06 19:31:07 · 108 阅读 · 0 评论 -
转载:mNGS的背景菌问题,以及AI在深度解析mNGS背景菌问题上展现出了专家级水平
下面的内容来自mNGS的“背景菌”一直是一个备受关注的问题,但不同的人对mNGS的“背景菌”可能有不同的理解。即便是专业人员对mNGS的认知也有巨大的差异,所以mNGS的“背景菌”没有一个共识上的定义。基于我自己的理解,mNGS的“背景菌”,只是口语上的习惯说法,更准确的表达应该是“污染微生物”。因为“背景菌”不仅仅只是细菌,还可能是真菌、病毒、寄生虫等。所以用“污染微生物”更准确。那用“背景微生物”如何?这个词虽然表达清楚了“微生物”,但是“背景”两个字还是太容易造成误解,或者大家的理解不一致。转载 2024-05-17 22:15:00 · 87 阅读 · 0 评论