txt转fasta

fasta实际上也是一种文本文件。将txt的后缀该为fasta就可以更改。但是我们有时候会遇到一种情况,那就是描述和序列在同一行,我们需要将描述和序列分开。少量的话可以手动操作,但成千上万就需要流程了。

output_lines = []
with open('sample.txt', 'r',encoding="utf-8") as file:
        for line in file:
                line = line.strip()
                if line:
                        columns = line.split('\t')
                        description = columns[0] # 描述行
                        sequence = columns[1] # 序列行
                       output_lines.append(description)
                        output_lines.append(sequence)
with open('output.fasta', 'w',encoding="utf-8") as f:
        for line in output_lines:
                f.write(line + '\n')

file.close()

f.close()

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