Nature子刊：高通量蛋白质组学方法学综述

在后基因组时代，蛋白质组学在生物医学研究中发挥着重要作用。近日，Nature子刊《Laboratory Investigation》发表了一篇高通量蛋白组的mini-review，概述了高通量蛋白质组学技术、统计和算法的进展。

蛋白质组学作为蛋白质组实验和数据分析的结合，从整体上分析了蛋白质的组成、结构、表达、修饰状态以及蛋白质之间的相互作用和联系。它为基因组学和转录组学提供补充信息。它对于生成复杂的、相互关联的通路、网络和分子系统的图谱也是至关重要的，这些通路、网络和分子系统直接控制着主要的生命活动，如细胞的增殖、分化、衰老和凋亡。随着过去十年实验技术的大幅提高，蛋白质组学方法已经从传统的免疫组织化学（IHC）染色、western blot和酶联免疫吸附试验（ELISA），发展到高通量的方法，如组织微阵列（TMA）、蛋白质通路阵列和质谱分析。这些高通量蛋白质组学技术不仅减少了分析时间，还提高了蛋白质组覆盖的准确性和深度。随着生物信息学和现代多分析 "组学 "技术的发展，蛋白质组学在揭示疾病的分子机制，发现新的生物标志物方面有着巨大的前景，并可作为特定的诊断检测、预后预测和治疗目标，进一步加强个性化医疗。

高通量蛋白质组学技术

蛋白质组学“从实验到临床”

质谱分析（Mass spectrometry）

质谱(MS)已经发展成为识别蛋白质及其异构体的最基本和最流行的工具之一，并通过直接的片段或负责其形成的特定蛋白质分解活动对翻译后修饰进行量化。MS最重要的作用是发现和检测一个完整的蛋白质或复合肽或代用肽的子集。MS可以与多种分离和预分馏技术相结合，以识别目标蛋白/肽，提高识别的准确性和产量。例如2D-PAGE基于电荷和分子量，而液相色谱（LC）基于极性、电荷和蛋白质分子量。尽管2D-PAGE传统上被用作蛋白质组学研究的标准程序，但基于凝胶的技术往往是劳动密集型和耗时的，因此不适合于高通量蛋白质组学。相比之下，液相色谱或高效液相色谱（HPLC）可以从复杂的混合物中连续分离数千种蛋白质，并可与质谱结合成为LC-MS，以提高通量。其中，反相液相色谱法（RPLC）是最常用的基于LC的分离平台。

根据不同的处理策略，基于质谱的方法可分为自上而下、自下而上和鸟枪法。在自上而下的蛋白质组学方法中，