热点综述 | Nature子刊：Museum of spatial transcriptomics

今年3月Nature子刊《Nature Methods》发表了一篇关于空间转录组学的全面综述：Museum of spatial transcriptomics，作者对1987年以来有关空间转录组学的文献进行了整理回顾，并对该领域的趋势进行了深入分析，如实验技术的使用、研究的物种/组织和使用的计算方法等。

技术背景-Prequel era

一些重要的空间转录组学技术可以追溯到20世纪70年代。长期以来，人们使用各种形式的原位杂交（ISH）来可视化空间中的基因表达。放射性ISH于1969年首次引入，用于可视化非洲爪蟾卵母细胞中的核糖体RNA和DNA，并于1973年首次用于可视化特定基因（珠蛋白）的转录本。非放射性荧光或比色ISH是在20世纪70年代和80年代初开发的，提高了空间分辨率，实现了三维（3D）染色，缩短了所需的曝光时间。早期的原位杂交是在组织切片中进行的，这使得应用于囊胚和重建3D组织结构具有挑战性；1989年，WM-ISH首次引入果蝇，并在20世纪90年代初很快适应了其他物种。

WM-ISH是20世纪90年代末和21世纪初的首选技术，在高度多路复用、高分辨率和更多定量的技术兴起之前，它已被用于在几个物种的胚胎中创建基因表达图谱，如果蝇、小家鼠和鸡；在各种小鼠器官中，如大脑、泌尿生殖道和肺；以及针对特定类型的基因，例如微RNA（miRNA）等。

技术演变的主要事件和WM-ISH图谱

许多当代技术的基础是在20世纪70年代至21世纪初的几十年间建立的。例如，紫外（UV）激光在1976年首次用于切割组织。红外（IR）和紫外LCM系统于1996年首次报道，并很快商业化。一些高度复用的smFISH技术，如seqFISH，依赖于组合条形码，即对每个基因进行颜色组合编码，这样就可以同时对更多颜色易辨的基因（最多5种）的转录物进行定量。组合条码于1989年首次在免疫学DNA FISH中报道，2002年首次用于转录本。1998 年报道了 smFISH 的第一个明确证明，将每个 mRNA 分子显示为一个点。

当代技术发展中的重大事件

技术简介-Data collection

就如何获得空间信息而言，目前的技术大致分为五类：感兴趣区域（ROI）选择、smFISH、原位测序（ISS）、具有空间条形码的高通量测序（NGS）以及不需要先验空间位置的方法。

 ROI选择

空间位置可以通过选择和分离已知位置和形状的ROI来获得。这可以通过物理和光学标记ROI进行分离。分离出的ROI可以用互补DNA（cDNA）微阵列或RNA测序（RNA-seq）进行分析，或解离成单细胞进行scRNA-seq。

a. IR LCM. b, GeoMX DSP

物理显微切割包括LCM、2000s voxelation和Tomo-seq。自1999年以来，迄今为止使用最广泛的显微切割技术是LCM，它已被用于生物各领域，如肿瘤学、神经科学、免疫学、发育生物学和植物学。结合LCM和Tomo-seq，3D中的空间转录组可以像Geo-seq一样进行分析，尽管空间分辨率有限。一种创新的物理显微解剖方法是STRP-seq，它将相邻的组织切片以不同角度切成条状，并以基于射线的计算机断层扫描算法为灵感，在3D中重建基因表达模式。人工解剖通常被用来沿着植物的一个空间轴线剖析基因表达。

光学标记的ROI包括NICHE-seq，SPACECAT、ZipSeq、GeoMX等。

单分子FISH

从时间上看，当前时代开发的下一项技术是高度复用的单分子FISH（smFISH），它始于2012年的原型（seqFISH），依靠超分辨率显微镜（SRM），通过将不同颜色的探针与转录本杂交，同时对酵母中的32个基因进行分析，然后推断出存在颜色的相对位置。现在不再需要SRM了；2014年，seqFISH发表了一篇文章，在这篇文章中，每轮杂交中每个基因都会显示一种颜色，在下一轮杂交之前，探针会被剥离，以获得条形码中的下一种颜色。同一基因的所有转录本都有相同的条形码。四种颜色和8轮杂交（48=65,536）足以编码人类或老鼠基因组中的所有基因。在实践中，会进行一轮纠错杂交，因此，如果一轮杂交的信号缺失，基因仍然可以被区分出来。