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RSS订阅原创 数据分析工具推荐 | adaptive-m6A：从RNA序列中鉴定物种特异性m6A修饰位点
近日，《Briefings in Bioinformatics》发表了一种基于注意力的深度学习方法adaptive-m6A，用于识别多个物种中的m6A位点。
2023-04-23 16:11:52
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原创 Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB
2023年2月，《Nature Methods》发表了一个综合性的空间组学数据库：SODB。
2023-04-23 16:09:52
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原创 热点综述 | 基于人工智能的多组学分析助力癌症精准医学研究
全面总结了基于人工智能的多组学肿瘤分析的最新进展，重点介绍了基于人工智能的多组学技术在癌症诊断、分类、早期筛查、反应评估和预后预测方面的应用。
2023-04-23 16:08:22
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原创 Nat. Methods | COMMOT：利用最优运输进行空间转录组细胞间通讯分析
近日《Nature Methods》发表了一种处理复杂分子相互作用和空间约束的最优运输方法：COMMOT，推断空间转录组学中的CCC。
2023-04-23 15:58:03
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原创 NBT | 使用CytoSPACE对单细胞和空间转录组进行高分辨率比对
近日，《Nature Biotechnology》发表了一种将单个细胞从scRNA-seq图谱映射到空间表达谱的优化方法：CytoSPACE。
2023-04-23 15:56:43
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原创 NC | 使用GraphST对空间转录组进行空间信息聚类、整合和去卷积
《Nature Communications》发表了一种图自我监督的对比学习方法：GraphST，其充分利用空间转录组学数据，以优于现有方法。
2023-03-24 15:45:30
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原创 疾病研究资源 | 用于评估疾病相关性的生物医学数据、计算方法和工具
2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章，为当前的疾病关联研究提供了一个系统的概述：总结了用于评估疾病相关性的可用生物医学数据和数据库、计算方法、软件工具/平台等，以促进疾病关联计算方法和工具/平台的开发和应用。
2023-03-24 15:43:07
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原创 Nature子刊 | 将对应分析（CA）应用于scRNA-seq数据的降维、批量整合和可视化
近日《Scientific Reports》发表了一种基于计数的PCA替代方案：对应分析(correspondence analysis，CA)，其基于卡方残差矩阵的分解，避免了失真的对数变换。
2023-03-07 13:58:33
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原创 热点综述 | 空间多组学技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用
2022年《Journal of Biomedical Science》发表了一篇综述文章，回顾了前沿空间组学技术、它们在肿瘤免疫微环境研究中的应用，以及存在的技术挑战。
2023-03-07 13:57:27
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原创 数据分析工具推荐 | bulkAnalyseR：用于分析和共享批量多组学数据的交互式工具包
《Briefings in Bioinformatics》发表了一个集成了最先进方法的工具包：bulkAnalyseR，可以处理不同的模式数据（转录、表观、时空等），促进顺式，反式和定制调控网络的强大集成和比较。
2023-03-07 13:49:05
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原创 超详细 | 生物医学研究和临床应用中scRNA-seq的数据分析指南
回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程，总结每个分析步骤的当前方法，并针对某些特定的分析任务和方法指出了建议和注意事项。
2023-01-17 16:17:36
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原创 Brief Bioinform. | 如何使用人工智能进行多种药物相互作用预测？
系统地回顾了人工智能在药物-药物（DDI）、药物-食品（辅料）（DFI）和药物-微生物组（DMI）相互作用中的应用，包括人工智能多重交互的模型、评价指标、算法和数据库等。
2023-01-17 16:13:25
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原创 NC | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释
一种基于自监督学习的空间转录组（spatially resolved transcriptomics，SRT）细胞注释方法Spatial-ID（SPATIAL cell type IDentifification），它集成了迁移学习和空间嵌入策略。
2023-01-17 16:10:40
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原创 空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较
《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章，根据聚类性能、鲁棒性、计算效率和软件可用性对七个软件工具提供的15种聚类方法进行了综合测试。
2023-01-17 15:40:27
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原创 BASS：为单细胞分辨率的空间转录组学提供多尺度和多样本分析
BASS，支持单细胞分辨率空间转录组学的多尺度和多样本分析。BASS在单细胞尺度上进行细胞类型聚类，在组织区域尺度上进行空间结构域检测，这两项任务在贝叶斯层次结构模型框架内同时进行。
2023-01-17 15:38:56
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原创 热点综述 | 肿瘤微环境中的细胞间通信推断和分析：数据资源和计算策略
介绍了 TME 中细胞间通信估计的管道、配体-受体相互作用 (LRI)数据资源和可视化工具，并且主要展示了七种经典的细胞间通讯评分策略，分析了各种细胞间串扰推断方法的优点和局限性。此外，还探讨了细胞间通讯识别过程中的挑战。
2023-01-17 15:35:53
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转载 Life Med综述 | 时空组学技术在病理应用中的革命性意义
该文章总结了当前已报道的时空组学技术的优缺点，描述了该类技术在肿瘤发病机制的应用进展，阐明了时空组学技术在包括病理检测应用等在内的精准医学领域中的革命性意义，同时也指出了临床数据计算所面临的挑战。
2022-12-07 11:34:28
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原创 NC发布猕猴大脑皮层多组学细胞图谱，助力神经系统疾病研究 | 时空专辑数据库
MBA包含来自成年猕猴大脑三个皮质区域的358,237个细胞的单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和单细胞转录组（scRNA-seq）数据。同时将该数据集与相应皮层区域的Stereo-seq数据相结合，把位置信息分配给分子和调控状态。
2022-11-23 10:19:06
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原创 单细胞数据库推荐 | TEDD：人和模式动物组织器官发育单细胞转录组与染色质可及性数据库
近日，香港中文大学和深圳华大生命科学研究院团队合作在Nucleic Acids Research杂志发表了一个全新的人和模式动物组织器官发育单细胞转录组与染色质可及性数据库：TEDD（Temporal Expression during Development Database）。
2022-11-23 10:15:31
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原创 EmAtlas：探索哺乳动物胚胎发育时空动态的综合图谱
2022年10月，《Nucleic Acids Research》发表了一种名为EmAtlas的数据库，收集了最全面的多组学数据，并提供了多尺度工具来探索哺乳动物胚胎发生过程中的时空动态。
2022-11-23 10:12:18
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原创 BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域
近日，《Nucleic Acids Research》发表了一个准确且通用的深度学习框架：DeepST，用于识别空间域。
2022-11-23 10:10:00
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原创 重磅发布 | 时空组学数据库STOmicsDB，“一站式”赋能时空组学研究！
STOmicsDB率先建立时空组数据归档标准，实现时空组学不同层次数据的整合，并形成时空组学数据生态圈，是国际领先的时空组学综合平台。
2022-11-01 16:12:17
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原创 实用分析工具推荐 | OmicsView：交互式可视化分析多组学数据
OmicsView是一个开源解决方案，其设计与数据类型无关，所有可视化模块均可轻松适应新的数据类型，并具有简单的用户数据上传过程。此外，研究团队提供了来自与Qiagen合作的10个疾病领域的样本水平基因表达数据集。有了OmicsView，每个实验科学家，无论他们的计算技能水平如何，都可以进行深入的数据分析和解释。
2022-10-21 13:35:51
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原创 ClusterMap：用于空间基因表达的多尺度聚类分析 | 空间转录组分析工具推荐
Nature Communications发表了一个无监督和无注释的计算工具：ClusterMap，其在二维和三维空间将RNA精确地聚类到亚细胞结构、细胞体和组织区域中，并在不同的组织类型（包括小鼠大脑、胎盘、肠道和人类心脏器官）中表现稳定。
2022-10-21 10:51:29
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原创 SpatialTE：从空间转录组数据集分析转座因子表达的工具
《International journal of molecular science》发表了一个从ST数据集分析TE表达的工具：SpatialTE。
2022-10-21 10:51:16
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原创 前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展
来自美国的研究人员在《Genome Research》发表Perspective，总结了空间转录组数据分析方法和管道的最新进展，并讨论了它们如何在不同的技术平台上运作。
2022-10-21 10:51:03
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原创 热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结
来自美国的科研人员在《Nature reviews genetics》发表综述文章，回顾了整合scRNA-seq与空间转录组学技术研究的尝试和努力，包括新兴的整合计算方法，并提出了有效结合当前方法的途径。
2022-10-21 10:50:48
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原创 DSTG：基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积
一种新的基于图形的人工智能方法即DSTG，通过基于图形的卷积网络对ST数据进行去卷积。DSTG可利用scRNA-seq数据揭示ST数据中的细胞混合物。
2022-10-14 16:39:23
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原创 Baysor：在基于成像的空间转录组学中实现细胞分割
来自美国的研究团队开发了一种分割方法：Baysor。其可以仅使用分子位置数据或结合辅助染色的证据进行分割，从而提高分割质量，增加细胞和分割分子的数量。
2022-10-14 16:37:33
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原创 CoSTA：用于空间转录组分析的无监督卷积神经网络学习方法
来自美国研究人员在《BMC Bioinformatics》杂志发表了题为“CoSTA: unsupervised convolutional neural network learning for spatial transcriptomics analysis”的研究论文，提出了CoSTA：一种通过卷积神经网络（ConvNet）聚类学习基因表达矩阵之间空间相似性的新方法。
2022-10-14 16:35:44
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原创 stPlus：利用scRNA-seq数据中的信息精确增强空间转录组学分析
来自清华大学的科研团队提出了stPlus，一种基于参考序列的方法，利用scRNA-seq数据中的信息来增强空间转录组学分析。
2022-10-14 16:33:56
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原创 JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具
来自美国的科研团队提出了JSTA：一种利用空间转录组学数据和scRNA-seq参考数据进行细胞联合分割和细胞类型标注的新的计算方法。
2022-10-14 16:32:09
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原创 stereoscope：利用scRNA-seq和空间转录组数据对细胞类型和空间分布进行概率推断
来自瑞典的科研团队提出一种基于模型的概率方法：stereoscope，使用单细胞数据来解析空间数据中的细胞混合物。
2022-10-14 16:30:28
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原创 BayesSpace：实现更高分辨率的空间转录组分析
来自美国的科研团队开发了BayesSpace，这是一种完全贝叶斯统计方法，它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。
2022-10-14 16:28:17
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原创 STUtility：一个为空间转录组学数据提供全流程分析的工具
来自瑞典的科研团队开发了STUtility，一个为空间转录组学数据提供完整工作流程的工具，从测序和图像数据处理到组织的最终三维模型的创建。
2022-10-14 16:26:21
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原创 SpatialCPie：用于空间转录组聚类评估的工具
来自瑞典和美国的科研团队开发了SpatialCPie，一个易于使用的R包，可以让用户直观地了解ST数据中的“簇”是如何相互关联的，以及二维ST阵列上的每个区域与每个“簇”的关联程度。
2022-10-14 16:24:10
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原创 RISynG：用于癌症亚型识别的新型多组学聚类算法
近日，《Scientific Reports》发表了一种名为 RISynG的新型多组学聚类算法，可有效识别癌症亚型，并通过基准测试证明了RISynG优于该领域的其他方法。
2022-10-14 16:18:43
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