空间转录组
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这个作者很懒，什么都没留下…
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Nature Methods | 空间组学数据库推荐：SODB
2023年2月，《Nature Methods》发表了一个综合性的空间组学数据库：SODB。原创 2023-04-23 16:09:52 · 584 阅读 · 0 评论 -
Nat. Methods | COMMOT：利用最优运输进行空间转录组细胞间通讯分析
近日《Nature Methods》发表了一种处理复杂分子相互作用和空间约束的最优运输方法：COMMOT，推断空间转录组学中的CCC。原创 2023-04-23 15:58:03 · 552 阅读 · 0 评论 -
NBT | 使用CytoSPACE对单细胞和空间转录组进行高分辨率比对
近日，《Nature Biotechnology》发表了一种将单个细胞从scRNA-seq图谱映射到空间表达谱的优化方法：CytoSPACE。原创 2023-04-23 15:56:43 · 398 阅读 · 0 评论 -
热点综述 | 跨模态单细胞分析的最佳实践
总结了单模态和多模态单细胞数据分析的独立基准研究，为最常见分析步骤提供全面的最佳实践工作方案。原创 2023-04-23 15:55:28 · 742 阅读 · 0 评论 -
NC | 使用GraphST对空间转录组进行空间信息聚类、整合和去卷积
《Nature Communications》发表了一种图自我监督的对比学习方法：GraphST，其充分利用空间转录组学数据，以优于现有方法。原创 2023-03-24 15:45:30 · 739 阅读 · 0 评论 -
热点综述 | 空间多组学技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用
2022年《Journal of Biomedical Science》发表了一篇综述文章，回顾了前沿空间组学技术、它们在肿瘤免疫微环境研究中的应用，以及存在的技术挑战。原创 2023-03-07 13:57:27 · 1021 阅读 · 0 评论 -
数据分析工具推荐 | bulkAnalyseR：用于分析和共享批量多组学数据的交互式工具包
《Briefings in Bioinformatics》发表了一个集成了最先进方法的工具包：bulkAnalyseR，可以处理不同的模式数据（转录、表观、时空等），促进顺式，反式和定制调控网络的强大集成和比较。原创 2023-03-07 13:49:05 · 315 阅读 · 0 评论 -
NC | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释
一种基于自监督学习的空间转录组（spatially resolved transcriptomics，SRT）细胞注释方法Spatial-ID（SPATIAL cell type IDentifification），它集成了迁移学习和空间嵌入策略。原创 2023-01-17 16:10:40 · 683 阅读 · 1 评论 -
空转工具盘点 | 空间转录组细胞类型聚类方法综合比较
《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章，根据聚类性能、鲁棒性、计算效率和软件可用性对七个软件工具提供的15种聚类方法进行了综合测试。原创 2023-01-17 15:40:27 · 501 阅读 · 0 评论 -
BASS：为单细胞分辨率的空间转录组学提供多尺度和多样本分析
BASS，支持单细胞分辨率空间转录组学的多尺度和多样本分析。BASS在单细胞尺度上进行细胞类型聚类，在组织区域尺度上进行空间结构域检测，这两项任务在贝叶斯层次结构模型框架内同时进行。原创 2023-01-17 15:38:56 · 347 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊 | 空间转录组技术及其发展方向
详细描述了现有的ST技术及其发展方向。原创 2022-12-07 11:40:56 · 1219 阅读 · 0 评论 -
Life Med综述 | 时空组学技术在病理应用中的革命性意义
该文章总结了当前已报道的时空组学技术的优缺点，描述了该类技术在肿瘤发病机制的应用进展，阐明了时空组学技术在包括病理检测应用等在内的精准医学领域中的革命性意义，同时也指出了临床数据计算所面临的挑战。转载 2022-12-07 11:34:28 · 317 阅读 · 0 评论 -
NC发布猕猴大脑皮层多组学细胞图谱，助力神经系统疾病研究 | 时空专辑数据库
MBA包含来自成年猕猴大脑三个皮质区域的358,237个细胞的单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和单细胞转录组（scRNA-seq）数据。同时将该数据集与相应皮层区域的Stereo-seq数据相结合，把位置信息分配给分子和调控状态。原创 2022-11-23 10:19:06 · 450 阅读 · 0 评论 -
EmAtlas：探索哺乳动物胚胎发育时空动态的综合图谱
2022年10月，《Nucleic Acids Research》发表了一种名为EmAtlas的数据库，收集了最全面的多组学数据，并提供了多尺度工具来探索哺乳动物胚胎发生过程中的时空动态。原创 2022-11-23 10:12:18 · 190 阅读 · 0 评论 -
BT × IT | DeepST：通过深度学习识别空间转录组学中的空间域
近日，《Nucleic Acids Research》发表了一个准确且通用的深度学习框架：DeepST，用于识别空间域。原创 2022-11-23 10:10:00 · 770 阅读 · 0 评论 -
重磅发布 | 时空组学数据库STOmicsDB，“一站式”赋能时空组学研究！
STOmicsDB率先建立时空组数据归档标准，实现时空组学不同层次数据的整合，并形成时空组学数据生态圈，是国际领先的时空组学综合平台。原创 2022-11-01 16:12:17 · 326 阅读 · 0 评论 -
热点综述 | 单细胞+空间转录组的整合分析方法总结
来自美国的科研人员在《Nature reviews genetics》发表综述文章，回顾了整合scRNA-seq与空间转录组学技术研究的尝试和努力，包括新兴的整合计算方法，并提出了有效结合当前方法的途径。原创 2022-10-21 10:50:48 · 2236 阅读 · 0 评论 -
前沿Perspective | 空间转录组数据分析方法最新进展
来自美国的研究人员在《Genome Research》发表Perspective，总结了空间转录组数据分析方法和管道的最新进展，并讨论了它们如何在不同的技术平台上运作。原创 2022-10-21 10:51:03 · 1764 阅读 · 0 评论 -
SpatialTE：从空间转录组数据集分析转座因子表达的工具
《International journal of molecular science》发表了一个从ST数据集分析TE表达的工具：SpatialTE。原创 2022-10-21 10:51:16 · 330 阅读 · 0 评论 -
ClusterMap：用于空间基因表达的多尺度聚类分析 | 空间转录组分析工具推荐
Nature Communications发表了一个无监督和无注释的计算工具：ClusterMap，其在二维和三维空间将RNA精确地聚类到亚细胞结构、细胞体和组织区域中，并在不同的组织类型（包括小鼠大脑、胎盘、肠道和人类心脏器官）中表现稳定。原创 2022-10-21 10:51:29 · 720 阅读 · 0 评论 -
DSTG：基于图形的卷积网络对空间转录组数据进行去卷积
一种新的基于图形的人工智能方法即DSTG，通过基于图形的卷积网络对ST数据进行去卷积。DSTG可利用scRNA-seq数据揭示ST数据中的细胞混合物。原创 2022-10-14 16:39:23 · 706 阅读 · 0 评论 -
Baysor：在基于成像的空间转录组学中实现细胞分割
来自美国的研究团队开发了一种分割方法：Baysor。其可以仅使用分子位置数据或结合辅助染色的证据进行分割，从而提高分割质量，增加细胞和分割分子的数量。原创 2022-10-14 16:37:33 · 416 阅读 · 0 评论 -
stPlus：利用scRNA-seq数据中的信息精确增强空间转录组学分析
来自清华大学的科研团队提出了stPlus，一种基于参考序列的方法，利用scRNA-seq数据中的信息来增强空间转录组学分析。原创 2022-10-14 16:33:56 · 387 阅读 · 0 评论 -
JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具
来自美国的科研团队提出了JSTA：一种利用空间转录组学数据和scRNA-seq参考数据进行细胞联合分割和细胞类型标注的新的计算方法。原创 2022-10-14 16:32:09 · 481 阅读 · 0 评论 -
stereoscope：利用scRNA-seq和空间转录组数据对细胞类型和空间分布进行概率推断
来自瑞典的科研团队提出一种基于模型的概率方法：stereoscope，使用单细胞数据来解析空间数据中的细胞混合物。原创 2022-10-14 16:30:28 · 444 阅读 · 0 评论 -
BayesSpace：实现更高分辨率的空间转录组分析
来自美国的科研团队开发了BayesSpace，这是一种完全贝叶斯统计方法，它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。原创 2022-10-14 16:28:17 · 754 阅读 · 1 评论 -
STUtility：一个为空间转录组学数据提供全流程分析的工具
来自瑞典的科研团队开发了STUtility，一个为空间转录组学数据提供完整工作流程的工具，从测序和图像数据处理到组织的最终三维模型的创建。原创 2022-10-14 16:26:21 · 1025 阅读 · 0 评论 -
SpatialCPie：用于空间转录组聚类评估的工具
来自瑞典和美国的科研团队开发了SpatialCPie，一个易于使用的R包，可以让用户直观地了解ST数据中的“簇”是如何相互关联的，以及二维ST阵列上的每个区域与每个“簇”的关联程度。原创 2022-10-14 16:24:10 · 343 阅读 · 0 评论 -
Hist2ST：联合Transformer和图神经网络从组织学图像中进行空间转录组学预测
近日《Briefings in Bioinformatics》发表了一种空间信息引导的深度学习方法：Hist2ST，用于从全载玻片图像(WSIs)进行空间转录组预测。原创 2022-09-28 15:51:51 · 1045 阅读 · 0 评论 -
热点综述 | Nature子刊：Museum of spatial transcriptomics
今年3月Nature子刊《Nature Methods》发表了一篇关于空间转录组学的全面综述：Museum of spatial transcriptomics，作者对1987年以来有关空间转录组学的文献进行了整理回顾，并对该领域的趋势进行了深入分析，如实验技术的使用、研究的物种/组织和使用的计算方法等。原创 2022-09-28 15:50:12 · 1031 阅读 · 2 评论 -
国产空转工具推荐 | STRIDE：使用scRNA-seq对空间转录组进行精准的整合分析
2022年3月，来自同济大学的科研团队在《Nucleic acids research》发表了一种基于主题模型的空间转录组学去卷积方法：STRIDE，通过机器学习方法及数据整合，将空间转录组学数据提升至单细胞精度。原创 2022-09-28 15:45:38 · 740 阅读 · 0 评论 -
Science Advances：利用iSpatial对全基因组空间表达进行精确推断
近日，《Science Advances》发表了一个名为iSpatial的新算法，通过整合空间转录组和单细胞转录组数据集来推导整个转录组的空间模式。原创 2022-09-28 15:40:53 · 261 阅读 · 0 评论 -
癌症研究资源推荐 | Nature子刊：基础和转化癌症研究中的大数据
近日，《Nature Reviews Cancer》发表了一篇综述文章，全面回顾了利用大数据推进癌症研究和治疗的技术现状和未来挑战，其中包含超实用的癌症研究数据库、分析平台、研究策略等信息。原创 2022-09-28 15:35:29 · 743 阅读 · 0 评论 -
NC：利用SpaceFlow分析组织中细胞的时空模式 | 空转工具推荐
《Nature Communications》发表了一个灵活的深度学习框架：SpaceFlow，在分析空间转录组数据时结合时空信息。原创 2022-08-18 16:45:23 · 531 阅读 · 0 评论 -
webSCST：一个用于scRNA-seq和空间转录组数据整合分析的web工具
来自中国的科研团队开发了一个用户友好的web应用程序webSCST，旨在方便用户使用scRNA-seq数据获取预测的空间信息。原创 2022-08-18 16:19:43 · 297 阅读 · 0 评论 -
空转工具推荐 | 10款空间转录组去卷积工具的综合比较
《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章，回顾了ST去卷积的最新方法，并综合评估了10种方法的性能。原创 2022-07-21 16:53:04 · 1301 阅读 · 0 评论 -
CCST：基于图神经网络对空间转录组数据进行聚类分析
6月27日《Nature Computational Science》发表了一种基于图卷积网络（GCNs）的细胞聚类方法：CCST，这是一种基于GCNs的无监督细胞聚类方法，用于改进从头计算的细胞聚类和基于手动整理细胞类别注释的细胞亚型发现。...原创 2022-07-08 09:53:54 · 2336 阅读 · 0 评论 -
前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值
2022年4月1日Nature子刊《Signal Transduction and Targeted Therapy》发表综述文章，概述了ST实验和生物信息学方法的发展，并评估了其临床和转化应用价值。原创 2022-07-08 09:50:48 · 1898 阅读 · 0 评论 -
热点综述 | 空间组学技术如何全面解码肿瘤微环境
复旦大学附属中山医院的科研团队在《Clin Transl Med》发表综述文章，回顾了空间组学的技术进步，以及先进的计算方法如何促进多模态空间数据分析；讨论了空间组学研究在精确肿瘤学中的潜在临床转化，并提出了在空间数据解释中将空间生态学原理转移到癌症生物学中。......原创 2022-06-14 11:08:49 · 1002 阅读 · 0 评论 -
空间转录组学数据分析软件包和算法的比较分析
空间转录组数据分析软件包和算法的比较分析原创 2022-06-14 11:01:53 · 1297 阅读 · 0 评论