如何自学生物信息学：从菜鸟到专家

看透了如此多的秘密，我们已停止相信尚有不可知之物。然而，那不可知之物却仍然坐在那里，冷静地舔着自己的嘴唇。

                 ——H.L. Mencken

尽管人类已把航天器送出太阳系，奔向了无尽的宇宙。而人类的眼睛，借助天文望远镜早已延伸到亿万光年之外。尽管蕴藏在原子内部的巨大能量已被发现并加以利用。但时至今日，人类对自身的了解，才刚刚起步。

一、生物信息学：源起

人类基因组计划（Human Genome Project，HGP），是人类下定决心认识自己的开始。这是一项可与阿波罗登月媲美的宏伟工程，它的目标，就是测定人类的基因组序列。随着计划的开展，产生大量的基因组数据面临分析困难，计算机辅助分析的手段不断被开发出来，进而形成了一门专业的学问——生物信息学。

下面是人类血红蛋白的一个 beta 亚基（HBB）的基因序列。这种序列类似于一副扑克牌，但只有不同的 4 张，分别是 A、T、C、G。所有核酸都是由这 4 张牌不同的排列组合而成。比如人类基因组中这样的牌有 30 亿张。生物信息学是处理海量序列数据的利刃，是遨游数据海洋的一叶扁舟。

>NM_000518.4 Homo sapiens hemoglobin subunit beta (HBB), mRNA
ACATTTGCTTCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGA
GGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGC
AGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATCTGTCCACTCCTGATG
CTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGC
TCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGAT
CCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCA
CCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCACAAGTATCA
CTAAGCTCGCTTTCTTGCTGTCCAATTTCTATTAAAGGTTCCTTTGTTCCCTAAGTCCAACTACTAAACT
GGGGGATATTATGAAGGGCCTTGAGCATCTGGATTCTGCCTAATAAAAAACATTTATTTTCATTGC

参考：为什么说生物信息学是真正的大数据专业？

二、生物信息学：全景

生物信息学的应用领域非常广泛。小到细胞，大到生命之树，只要是生命，就有核酸，只要有核酸，就有测定序列的需求。

因为核酸是遗传信息的载体，遗传信息描绘了生命的蓝图。种瓜得瓜，是男是女，都由遗传信息决定。

测定核酸序列，才能从源头上探索生命的奥秘。当然我们也要小心还原论，认为只要测定序列就可以知道生命的所有秘密。但是对一个生命的研究，没有其核酸序列显然是不完整的。

我们可以从三个视角来总结生物信息学的应用领域，分别是：

• 细胞

• 生物体

• 生命之树。

我专门有一篇文章介绍：生物信息学：全景，在此不展开。

三、从菜鸟到专家

1. 职业前景

生物信息学作为交叉学科，既要生物学知识，又要数理知识，还要编程。很多初学者往往感觉无从下手，产生畏难情绪，这是对自己的定位不清楚的结果。

我把生物专业人员的职业发展分成三个方向：

1. 生命科学专家。就是专注于解决生物学问题，不需要花心思去掌握计算机知识，可以与生信专家合作。生物信息学是数据驱动的科学，你手里有好数据，有资源，不愁没劳力、没合作者。很多老板，PI，就是这类人。

2. 计算生物学家。专注于开发生物信息学软件