taxize
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介绍R语言 taxize包
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R语言【taxize】——针对Catalogue Of Life网站已经废弃的函数
COL最近在2019年引入了速率限制-这使得API基本上无法使用- COL+即将推出,当它稳定时我们将在这里合并它。原创 2024-02-29 10:36:17 · 219 阅读 · 0 评论 -
R语言——taxize(第四部分)
用法参数x:学名。应清晰明了,格式为 。:如果为 “true”,则地理分布将作为一个向量列表返回,该向量列表对应于不同的分布类型:原生、引进等。key:Redlist API 密钥,从 https://apiv3.iucnredlist.org/api/v3/token 获取 iucn_summary 所需的密钥。默认为空,以防已存储密钥(请参阅下面的 Redlist Authentication)。:传递给的可选参数。说明。原创 2023-11-21 14:10:33 · 1698 阅读 · 0 评论 -
R语言——taxize(第二部分)
从目、类等到科的下游分类信息的 data.frame,或者如果 intermediated=TRUE,则返回长度为 2 的列表,包含目标分类群等级名称和中间名称。返回的字段是从科学名称(scientificname)中的所有物种名称中提取的字段的组合。:长度为 2 的列表。:如果你直接传递了ID值(而不是get_*系列方法的返回值),那么你必须指定ID归属的数据库。比如,如果你传递了一个并不存在的ID值,那么EOL将返回500 HTTP错误,。,返回一个数据框,根据不同的数据源而包含不同的列。原创 2023-11-16 14:32:47 · 1359 阅读 · 0 评论 -
R语言——taxize(第三部分)
EOL 有点奇怪,它们为每个分类群都设置了页面 ID,但在页面 ID 中,它们又为该页面中的不同分类群设置了分类群 ID(例如,GBIF 和 NCBI 在页面 [即分类群] 中都有一个分类群)。你可以通过使用 eol_search() 和 'eol_pages() 获得分类群的页面 id,分类群属性中返回的 URI 将引导你进入分类群页面,URL 中的 ID 就是页面 id。如果未找到分类群,则给出 NA。如果找到一个以上的标识符,如果 ask = TRUE,函数会要求用户输入,否则返回 NA。原创 2023-11-20 14:57:30 · 1396 阅读 · 0 评论 -
R语言——图解taxize,强烈推荐收藏关注,持续更新中
为了对taxize的函数有更加清晰明了的了解和快速上手,我将根据不同的数据库来整理各自对应的功能函数,进行分块,最后再对整合式的函数进行整理。我相信这对你我都有很大的帮助。原创 2023-11-24 21:24:00 · 868 阅读 · 0 评论 -
R语言——taxize(第一部分)
允许用户在许多网站上搜索物种名称(科学的和常见的),下载上下游的分类等级信息,以及许多其他东西。+ 包中特定API的函数有一个由下划线分隔的前缀和后缀。它们遵循service_whatitdoes的格式。例如,gnr_resolve使用Global Names Resolver的API来解析物种名称。+ 包中不涉及特定API的通用函数没有下划线分隔的两个单词,例如classification。+ 某些数据源需要API密钥。有关更多信息,请参阅taxize -authentication。原创 2023-11-14 23:05:06 · 1985 阅读 · 0 评论 -
R语言——taxize(第五部分)
用法说明taxon_last():获取最后一个正在使用的taxon_state对象。taxon_clear():清除最后一个taxon_state对象中的所有数据。taxon_state 对象是一个 R6 对象,用于保存数据和方法,以跟踪 get_* 函数中收集的结果。您不应该自行创建 taxon_state R6 对象。原创 2023-11-22 17:56:58 · 1594 阅读 · 0 评论