rgbif
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以GBIF数据库为源的R包
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R语言【rgbif】——occ_download_dataset_activity():列出数据集的下载活动
Arguments参数【dataset】:(字符)一个数据集键。参数【limit】:(整数/数值)要返回的记录数。默认值:20,最大值:1000参数【start】:(整数/数值)从记录编号开始。默认值:0参数【curlopts】:传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项,请参见curl::curl_options有两个槽的列表:原创 2024-02-27 18:03:03 · 223 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_import():从GBIF导入下载的文件
Arguments参数【x】:调用occ_download_get的输出参数【key】:从请求生成的密钥,如occ_download参数【path】:解压缩文件到的路径。默认值:“.”,写入与zip文件名匹配的文件夹参数【fill】:(逻辑值)(默认FALSE)如果为TRUE,则在行长度不等的情况下,隐式填充空白字段。传递给data.table:: read中的填充参数。参数【encoding】:(字符)读取数据的编码;传递给data.table:: read()。默认值:“utf - 8”。其他允许的原创 2024-02-27 17:40:09 · 426 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_get():从GBIF下载。
Arguments参数【key】:从请求生成的密钥,如occ_download参数【path】:写入zip文件的路径。默认值:".",末尾附加.zip。参数【overwrite】:如果为TRUE,将只覆盖现有路径。参数【...】:命名curl选项传递给crul::verb-GET。参见curl::curl_options()获取curl选项将zip文件下载到您在计算机上指定的目录。crul::HttpClient()在内部用于将zip文件写入磁盘。参见crul:: writing-options。这个函原创 2024-02-27 17:18:13 · 128 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_cancel():取消下载创建过程。
Arguments参数【key】:(字符)从请求生成的密钥,如occ_download。必需的。参数【user】:(字符)GBIF网站内的用户名。必需的。参数【pwd】:(字符)GBIF网站内的用户密码。必需的。参数【curlopts】:传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项,请参见curl::curl_options参数【limit】:要返回的记录数。默认值:20参数【start】:从记录编号开始。默认值:0注意,这些函数只能取消正在进行的作业。如果你的下载已经为你准备好了原创 2024-02-27 17:06:54 · 165 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_list():列出用户创建的下载
Arguments参数【user】:(字符)GBIF网站内的用户名。必需的。详见Details。参数【pwd】:(字符)GBIF网站内的用户密码。必需的。详见Details。参数【limit】:(整数/数值)要返回的记录数。默认值:20,最大值:1000参数【start】:(整数/数值)从记录编号开始。默认值:0参数【curlopts】:传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项,请参见curl::curl_options有两个槽的列表:原创 2024-02-27 16:55:50 · 146 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_meta():根据唯一键检索下载元数据。
Arguments参数【key】:从请求生成的密钥,如occ_download参数【curlopts】:传递给HttpClient的命名curl选项列表。有关curl选项,请参见curl::curl_optionsocc_download_meta类的对象、包含下载键槽的列表、分配给下载的DOI、许可链接、在occ_download()请求中发送的请求详细信息,以及关于请求的大小和日期/时间的元数据。原创 2024-02-27 16:44:58 · 197 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_wait():等待下载完成
Arguments参数【x】:occ_download或downloadkey类的对象参数【status_ping】:(整数)每次occ_download_meta()请求之间的秒数。默认值为5,且不能小于3参数【curlopts】:(列表)Curl选项,作为命名列表,传递给occ_download_meta()参数【quiet】:(逻辑值)抑制消息。默认值:FALSEocc_download_meta类的对象,详细信息请参见occ_download_meta()。occ_download_queue(原创 2024-02-27 16:34:19 · 167 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_cached():查看GBIF账户中已完成的下载任务
Arguments参数【...】:对于occ_download()和occ_download_prep(),由pred*函数创建的occ_predicate或occ_predicate_list类的一个或多个对象(参见download_predicate_dsl)。如果你使用这个,不要使用body参数。参数【body】:如果您希望自己传递有效负载,请使用此参数。如果你使用这个,不要传递任何东西给圆点。接受R列表或JSON。JSON可能更容易,因为JSON库jsonlite要求您打开不应该自动转换为数组的原创 2024-02-27 16:28:06 · 362 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download_queue():在序列中请求下载
Arguments参数【...】:任意数量的 occ_download() 请求参数【.list】:任意数量的 occ_download_prep() 请求参数【status_ping】:(整数)检查下载请求状态的ping之间的秒数。通常较大的数字表示较大的请求。默认值:10(即10秒)。必须大于等于10。这个函数是occ_download()的方便包装,允许用户启动任意数量的请求,同时遵守每个用户3个并发请求的GBIF规则。occ_download类对象的列表,参见occ_download_get()原创 2024-02-27 15:59:29 · 272 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——配合occ_download()使用的检索参数设置功能
Arguments参数【key】:(字符)谓语项的键。参见Keys。参数【value】:(变量)谓语项的值。参数【...,.list】:对于pred_or()或pred_and()来说,可以一个或多个occ_predicate类的对象,由任意一个 pred* 函数创建。pred*函数是根据它们执行的操作的“类型”来命名的,遵循GBIF使用的术语,参见https://www.gbif.org/developer/occurrence#predicates。给出函数名,并使用等效的GBIF类型值(例如,pr原创 2024-02-27 15:46:35 · 1067 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——如何从GBIF网站上获取大量数据?
GBIF提供了两种获取分布数据的方法:通过/occurrence/search路径(参见occ_search()),或者通过/occurrence/download(参见下面的许多函数)。occ_search()更适合较小的数据,而occ_download*()函数更适合较大的数据请求。您将使用occ_download()启动下载。您需要从您的GBIF配置文件中提供该功能设置:您的用户名、密码和电子邮件。使用该功能需要设置这三项。您可以通过以下三种方式之一指定它们:将它们作为参数传递给 使用R选项:在当前原创 2024-02-27 14:20:39 · 1702 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_download(),occ_download_prep():启动GBIF数据的下载请求。
使用 occ_search() 只能获取十万条数据,如果妄想通过 start 和 limit 突破,则会返回:<simpleError: Max offset of 100001 exceededUsageArguments参数【...】:对于occ_download() 和 occ_download_prep(),一个或多个 occ_predicate 或occ_predicate_list 类的对象,由 pred* 函数创建。如果使用了此参数,则无法使用参数【body】。参数【原创 2024-02-27 13:53:48 · 820 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——occ_search()的start和limit参数的配合使用,以及索引的认识
根据occ_search()的函数帮助文档,参数start的默认值为0。这是一个在R语言中比较敏感的数字。它可能代表了记录的索引值,但是在R语言中,索引值一般是以1为起始值。occ_search()的参数start和参数limit配合使用,可以在检索的记录超过 10,000条时,获取后面的记录。首先,我们获取一次记录中的前十条,使用的参数为。下面我们将一起来搞明白它们的实际意义吧。原创 2024-02-26 15:10:15 · 282 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——name_backbone()和name_backbone_verbose()在 GBIF 分类树中查找名称。
参数【name】:(字符)可能带有作者姓名的学名全称(必填)。参数【rank】:(字符)作为等级枚举给出的等级。可选。参数【kingdom】:(字符)如果提供,默认情况下,如果没有找到与名称直接匹配的匹配项,也会尝试与此匹配。可选。参数【phylum】:(字符)如果提供,默认情况下,如果没有找到与名称直接匹配的匹配项,也会尝试与此匹配。可选。参数【class】:(字符)如果提供,默认情况下,如果没有找到与名称直接匹配的匹配项,也会尝试与此匹配。可选。参数【order】:(字符)如果提供,默认情况下,如果没有原创 2023-12-28 14:35:38 · 888 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——rgbif将物种分布数据转换为地图格式的详细说明
这个示例将以虎(Panthera tigris)的物种分布数据为例,使用RGBIF包将其转换为地图格式,并使用leaflet包绘制了一个简单的地图。一旦成功获取物种分布数据,可以使用RGBIF包的函数来将其转换为地图格式。最后,可以使用R中的地图绘制函数(如ggplot2或leaflet)将地图格式的物种分布数据可视化。使用RGBIF包,可以通过物种名称或分类器来获取物种分布数据。这个命令将返回一个地图格式的物种分布数据,其中包含经纬度和物种记录的其他相关信息。步骤3:获取物种分布数据。原创 2023-12-18 10:08:22 · 527 阅读 · 5 评论 -
R语言【rgbif】——最全最详细的函数解读(name_suggest)
当试图获取种级物种信息时,也会返回许多种下等级的信息,更不用说在请求种级以上类群名称时的情况了,譬如例2。聊胜于无的是,当我们指定参数【limit】的值超过100时,会给出警告信息。这些例子中,参数【rank】分别被传入了不同的分类阶元,那么它们的结果有什么不同呢?必须是从学名的首字母开始,因为name_suggest使用的是针对前缀的匹配方法。==首先,此参数是必填的。的数据框中,其中每条数据包含的是完整的分类阶元树及对应的标识符。在控制台中可以看到下图的输出结果,与例1的结果结构相差无几。原创 2023-12-06 14:05:34 · 145 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——用rgbif下载物种分布数据(rgbif包的初步探索)
GBIF开放了全球物种分布数据。原创 2023-03-27 13:23:26 · 3203 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——使用rgbif获取非行政单位区域内的物种记录信息(以泛喜马拉雅地区为例)
泛喜马拉雅地区并不是一个标准的行政区域,它是由喜马拉雅山脉和邻近地区形成的一个天然的植物地理单元。在getdata软件中,按照 设置坐标系——沿线取点——手动修正——点位排序,即可获得表达泛喜马拉雅地区的边界坐标信息。检查无恙后,使用rgbif的wkt_parse()对wkt进行分割,调整参数直至分割后的wkt片段均。,wkt_parse的【geom_big】参数必须为 axe,【geom_size】参数的值需要调整。,说明它是rgbif中定义的长WKT字符串,要进行分割处理。原创 2023-12-17 19:05:12 · 779 阅读 · 3 评论 -
R语言【rgbif】——occ_search对待字符长度大于1500的WKT的特殊处理真的有必要吗?
一般来说,长WKT字符串的处理是不需要的!因为,利用rgbif从gbif上获取数据时,参数【limit】更多地用来配合参数【start】来获得完整的筛选结果。这么看来,使用方法【wkt_parse】分割WKT,然而会让操作更加复杂,增加使用门槛。原创 2023-12-17 15:36:56 · 409 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——最全最详细的函数解读(occ_search)
要求传递字符型。在Well Known Text(WKT)格式的多边形中检索记录。“POINT”“POLYGON”请注意,GBIF要求WKT的逆时针绕制顺序。您可以按顺时针方向提供WKT,但GBIF将其视为排除项,因此您将获得不在WKT区域内的所有数据。当处理长WKT字符串(>1500个字符)时,可以通过参数geom_bigasis:此值为默认值。不做任何处理,只传递WKT字符串。axe。原创 2023-12-06 09:22:40 · 480 阅读 · 0 评论 -
R语言【rgbif】——什么是多值传参?如何在rgbif中一次性传递多个值?多值传参时的要求有哪些?
您是否在使用rgbif时设想过,给某个参数一次性传递许多个值,它将根据这些值独立地进行请求,各自返回独立的结果。rgbif支持这种工作模式,但是具体的细节需要进一步地学习才能掌握,避免在使用时出现事与愿违的结果。原创 2023-12-14 15:58:49 · 296 阅读 · 0 评论