whitedrogen的博客

在拥有对应信息的对象中设置和获取类群所有权信息。> x <- taxon(name = c('Homo sapiens', 'Bacillus', 'Ascomycota', 'Ericaceae'),+ rank = c('species', 'genus', 'phylum', 'family'),+ id = taxon_id(c('9606', '1386', '4890', '4345'), db = 'ncbi'),+

保存类群的基本信息，包括名称，等级和ID。参数【name】：类群的名称。参数【rank】：类群的等级。参数【id】：类群的ID。参数【auth】：类群的所有权。参数【.names】：向量的名称。参数【...】：其他参数。 保存类群的所有权信息，包括作者名，日期和引用信息。参数【author】：0或作者名。参数【date】：0或日期。参数【citation】：0或文献信息。参数【.names】：向量的名称。参数【extract_date】：为TRUE时（默认），如果在author中包

在 taxonomy 中查找根节点类群的索引值。返回每个类群的茎节点的索引值。返回所有子类群的索引值。返回所有父类群的索引值。

Arguments参数【x】：获取子类群的对象，比如 taxonomy。参数【subset】：检索的树的子集。索引或名称。参数【max_depth】：挖掘的等级深度。比如，max_depth = 1 表示值返回直接子类群。默认返回所有子类群。参数【include】：为TRUE时，输出每个类群的信息。

获取每个分类单元的冠群索引或其他每个分类单元的值。leaves 是没有下级分类群的分类群。参数【x】：获取 leaves 的对象，比如 taxonomy。参数【value】：要返回的东西，而不是索引。长度必须与分类群数相同。参数【...】：其余参数。> x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',+ 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus

检查对象是否为 classification 类。

获取每个分类单元或其他每个分类单元值的节点间索引。节间是一个恰好有一个上级分类群和一个下级分类群的分类群。这些分类群可以在不丢失剩余分类群之间关系信息的情况下被移除。Argument参数【x】：用来获取中间节点的对象，比如一个 taxonomy 对象。

定义可以被 taxon_db 对象使用或使用 taxon_db 对象的有效分类数据库，例如 taxon_id 和 taxon。 使用 db_ref$get 查看数据库的详细信息。 用户可以使用 db_ref$set 创建自定义的数据库，并添加到数据库列表中。 每个数据库都必须包含下列信息：Format一个长度为3的列表对象。此代码基于knitr包中的代码处理选项。查看所有的数据库定义：自定义数据库：恢复默认设置：

Arguments参数【x】：以下之一：参数【taxonomy】：一个 taxonomy 对象。只有当第一个参数提供的是类群的索引时才需要此参数。参数【.names】：向量的名称。一个 taxa_classification 类的 S3 对象。通过 列表 创建 classification 向量：通过 taxonomy 对象 及其 索引 创建 classification：查看 classification 对象的各个组分：操作 classification 向

将其他对象转换为 taxon 向量。taxon 构造器可能将 基础向量转换为 taxon 向量。Arguments参数【x】：要转换为 taxon 向量的对象。参数【...】：其余参数。

将 taxa 对象包含的信息转换为 data.frame，信息保存在列中。如果使用 as_tribble 则转换为表格。 参数【x】：由 taxa 定义的一个对象。比如 taxon 或 taxon_id。参数【row.names】：NULL值，或者命名data frame行名的字符向量。不允许缺失值。参数【optional】：逻辑值。当为 TRUE，设置行名和转换列名都是可选的。参数【...】：传入或接收的参数。参数【stringAsFactors】：逻辑值：字符向量是否转换为因子？创建了一