ImageJ用户手册——第二部分（ImageJ操作）

ImageJ的使用

这部分介绍了ImageJ的一些基本知识，以便用户更有效地使用该软件。它还介绍了本手册中使用的一些重要术语和概念。如果您已经有效地使用了该程序，并且熟悉诸如Virtual Stacks, Hyperstacks, Pseudocolor Images, Color Composite Images or Composite Selections。

4. 使用键盘快捷键

当你使用ImageJ时，你会学到越来越多的快捷键，因为（几乎）所有的快捷键都列在ImageJ菜单中。同样，在本指南中，每个命令的名称上都列出了快捷键（两边用方括号括起来）。
请注意，这些键绑定的表示法是区分大小写的，即没有明确提及时便使用Shift修饰符（例如大写A表示Shift+a），并默认选中“编辑>选项>其他”中的快捷键需要Ctrl键。

修饰符有Shift、Ctrl和Alt三种。

5. 查找命令

浏览ImageJ命令、宏和插件的大量列表可能相当麻烦。通过其内置的命令查找器/启动器，ImageJ提供了一种快速替代方案，使您能够极其快速地检索命令：Plugins>Utilities>Find Commands. . .。

此外，ImageJ还提供了一个查找功能，用于查找计算机上的宏指令、脚本和插件源文件：Plugins>Utilities>Search. . .。由于大多数IJ源文件都包含间接注释，因此您可以使用此实用程序来检索不仅与图像处理例程相关的文件，还与实际上下文（如放射图、细胞或组织学）相关的文件。事实上，ImageJ源文件包含详细的注释，这些注释对想要了解更多ImageJ例程和算法的开发人员和普通用户都很有用。

6. 撤消和重做

您可能会注意到的第一件事：ImageJ没有大的undo/redo缓冲区。撤消（编辑>撤消）当前仅限于最近的图像编辑/过滤操作。随着时间的推移，您会意识到这对于最大限度地减少内存开销是必要的。尽管如此，对于IJ 1.45及更高版本，在大多数情况下，Undo是可撤消的，并且如果在Edit>Options>Memory & Threads. . . 选中“Keep multiple undo buffers（保留多个撤消缓冲区）”，则可以应用于多个图像。

如果您无法从错误中恢复，您可以始终使用 File>Revert 将图像重置为其上次保存的状态。对于选择，Edit>Selection>Restore Selection 可用于恢复任何错误选择。

在ImageJ中，相当于“redo”的是 Process>Repeat 命令，它会重新运行以前使用的命令。

7. 图像类型和格式

数字图像是像素强度值的二维网格，图像的宽度和高度由x（行）和y（列）方向上的像素数量定义。因此，像素（图片元素）是图像中最小的单一成分，具有介于黑色和白色之间的数值——像素强度。该范围的特征，即图像中可能存在的唯一强度（亮度）值的数量，被定义为图像的位深度，并指定强度编码的精度水平。例如：2位图像有2的2次方=4个色调：00（黑色）、01（灰色）、10（灰色）和11（白色）。4位图像具有2的4次方=16个色调，范围从0000（0）到1111（16）等。就每像素比特数（bpp）而言，ImageJ处理的最常见的图像类型（图像>类型）有：

1. 8–bit：可以显示256个灰度级的图像（仅限整数）
2. 16–bit：可以显示65536个灰度级的图像（仅限整数）
3. 32–bit：可以显示4294967296灰度级（实数）的图像。在32位图像中，像素由浮点值描述，可以具有任何强度值，包括NaN（非数字）。
4. RGB Color：彩色图像，可在红色、绿色和蓝色通道中显示256个值。这些是24位图像。RGB彩色图像也可以是32位彩色图像（24位彩色图像，带有额外的8位编码alpha混合值，即透明度）。

原生格式

ImageJ以本地方式（即不需要第三方插件）打开以下格式：TIFF, GIF, JPEG, PNG, DICOM, BMP, PGM 和 FITS。

1. TIFF：（标记图像文件格式）是ImageJ的“默认”格式（参见File>Save）。图像可以是1位、8位、16位（无符号）、32位（实数）或RGB颜色。具有多个相同类型和大小的TIFF文件将作为Stacks或Hyperstacks打开。ImageJ通过LZW、PackBits和ZIP（Deflate/Ampure）压缩方案打开无损压缩的TIFF文件。此外，TIFF文件可以打开并保存为ZIP压缩包。当ImageJ在调试模式下运行时，Tiff标签和导入文件所需的信息（图像数量、第一个图像的偏移量、图像之间的间隙）将打印到日志窗口（Edit>Options>Misc. . . ）。
2. DICOM：（医学数字成像与通信）是医学影像学界流行的标准。ImageJ仅支持未压缩的DICOM文件。包含多个图像的DICOM文件以Stacks形式打开。 Image>Show Info. . .显示DICOM的标题信息。可以使用File>Import>Image Sequenc