BugBase安装

概述

BugBase是一种微生物组分析工具，可确定微生物组样本中存在的高级表型，可以基于OTU表和Mapping files，预测大量信息和比较，包括以下七方面：

• 革兰氏阳性
• 革兰氏阴性
• 生物膜形成
• 致病潜力
• 包含移动元素
• 氧气利用
• 抗氧化应激耐受性

然后，BugBase将根据您在映射文件中指定的治疗组绘制并比较每个微生物组与给定表型的比例。

输入

OTU 表

运行 BugBase 需要 OTU 表。OTU 表应为：

• 采用 BIOM 格式（版本 1.0，JSON）
• 根据GreenGenes数据库（16S）挑选*
• 根据 IMG（基因组测序）*
• < 15 MB（仅限 Web 应用程序）

Maping File

• 制表符分隔
• 第一行必须以#SampleID起始
• 第一行全为列标题
• 第一列必须为SampleID
• 只允许使用字母、数字、下划线和连字符
• 不允许包含空格，逗号、引号、括号
• 不要包含机密信息
• 

了解更详细的可以去官网查看：虫库 (umn.edu) 

具体操作步骤

# 下载安装程序
cd ~/software
wget https://github.com/knights-lab/BugBase/archive/master.zip
mv master.zip BugBase.zip
unzip BugBase.zip
mv BugBase-master/ BugBase
# 此程序运行必须定义下面环境变量，根据实际目录修改
export BUGBASE_PATH=/home/user/software/BugBase
export PATH=$PATH:/home/user/software/BugBase/bin

run.bugbase.r -h  # 安装了所有依赖包
# 以上R包如果已经安装，此步可跳过
# 每次运行都会重复安装10多个包近半小时

#上面这一步，我所遇到的问题就是biom没有安装成功

 #我直接进入R环境（输入R），进行安装biom（这里先下载好了biom压缩包）

install.packages("/User/miniconda3/miniconda3/envs/R4.2.2/lib/R/library/biom_0.3.12.tar.gz")

这里安装好了，直接把biom包放到/User/miniconda3/software/BugBase/R_lib里面，就可以运行成功了，显示下面结果

 后面的就跟官网上差不多了，也可以看下面的网址介绍16S预测细菌表型-bugbase：革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等... - 灰信网（软件开发博客聚合） (freesion.com)