【python拆分fasta文件为多个小的fasta文件】

#将fasta拆分N份
import sys
import pandas as pd
import os
#这里我写了一个判断参数，这里输入参数：py文件，fa文件，拆分数，输出文件夹
if len(sys.argv)>3 and len(sys.argv)<5:
    fasta=sys.argv[1] #读取文件
    n=sys.argv[2]  #分成数
    n=int(n)
    out_file = sys.argv[3] #路径
#判断目录是否存在，不存在创建
    if not os.path.exists(out_file):
        os.mkdir(out_file)
#处理输入的文件并保存到另一个文件中；这里主要是将文件全部处理成一行，便于后续拆分成N份
    fr = open(fasta, 'r')
    fw = open('fa.fasta', 'w')
    seq = {}
    for line in fr:
        if line.startswith('>'):
            name = line.split()[0]
            seq[name] = ''
        else:
            seq[name] += line.replace('\n', '')
    for i in seq.keys():
        fw.write(i)
        fw.write(':')
        fw.write(seq[i])
        fw.write('\n')
    fr.close()
    fa_file =pd.read_table('fa.fasta')
    num = 0
#进入输入的文件夹中
    os.chdir(out_file)
    for i in range(1,n+1):
        start = num
        num = num +int(fa_file.shape[0]/n)
        file =fa_file.iloc[start:num]
#每个文件保存到输入的文件夹中
        file.to_csv( str(i) + "transcripts_mRNA.fa", index=False)
else:
    print(f"Usage:\n\tpython {sys.argv[0]} input.fa split_num out_dir\n")