BI
文章平均质量分 84
why_cant_i_change
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
RNA-seq (2):使用htseq-count进行reads计数
背景资料:http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1750&highlight=rna-seq参考文章:https://mp.weixin.qq.com/s/RolngZkua6GJboHQMfP52w一、背景知识有了一个注释好了的参考基因组之后,就可以根据位置信息统计每个基因特征区域(genomic features)上的mapped reads。使用由从头组装软件Cufflinks产生的注释文件能够让你来定原创 2020-12-09 15:39:33 · 3309 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq (1)
本文背景资料(感谢Jimmy大神):RNA-seq基础入门传送门-转录组-生信技能树 (biotrainee.com)fastq-dump参数参考文章(有些已经过时啦!!):SRA批量下载及转为Fastq格式 - 简书 (jianshu.com)一、数据转换需要转换的sra文件:for i in `seq 56 62`;do nohup fastq-dump --gzip --split-files -O ../raw_data/ SRR35899$i.sra; done &原创 2020-12-08 19:57:23 · 449 阅读 · 0 评论 -
GEO小白初探,先瞎写一通,以后再改
一般文章中都会给出GSE,如在GEO中搜索:GSE81916。往下面翻翻,就会有一个samples属性:我的理解就是GSE就是一项实验的代号,然后这个实验包含很多样本(samples)。例如这个GSE中就有15个样本。随便点进去一个样本,往下翻,就会看到关联的SRA链接:继续点击该链接(SRX for experiments),进入到该sample的具体处理页面,包括测序的结果(RUN):继续往下点就可以下载啦。或者你可以直接在搜索GSE后的界面点击SRP(SRP fo.原创 2020-12-03 16:18:42 · 1546 阅读 · 0 评论 -
configure,make,make install
configureConfigure是一个可执行脚本,它有很多选项,在待安装的源码路径下使用命令./configure–help输出详细的选项列表。其中,prefix选项是配置安装的路径,如果不配置该选项,安装后可执行文件默认放在/usr/local/bin,库文件默认放在/usr/local/lib,配置文件默认放在/usr/local/etc,其它的资源文件放在/usr/local/share,比较凌乱。如果配置prefix,如:./configure --prefix=/usr/local转载 2020-11-20 15:39:22 · 68 阅读 · 0 评论 -
Introduction to RNA-seq Data Analysis
基本流程差异基因表达分析流程(DIFFERENTIAL EXPRESSION ANALYSIS WORKFLOW)The following example workflow assumes that a reference genome is available.原创 2020-11-20 14:36:45 · 94 阅读 · 0 评论