GEO小白初探,先瞎写一通,以后再改

一般文章中都会给出GSE,如在GEO中搜索:GSE81916。往下面翻翻,就会有一个samples属性:

我的理解就是GSE就是一项实验的代号,然后这个实验包含很多样本(samples)。例如这个GSE中就有15个样本。

随便点进去一个样本,往下翻,就会看到关联的SRA链接,里面一般放的测序的原始数据:

继续点击该链接(SRX for experiments),进入到该sample的具体处理页面,包括测序的结果(RUN):

继续往下点就可以下载啦。

 

或者你可以直接在搜索GSE后的界面点击SRP(SRP for studies,SRS for samples,SRX for experiments,SRR for RUNs)链接:

这就可以直接看到15sample的具体信息,如果你想直接导出所有的SRR编号(或者勾选部分),可以点击右上角send to->file->format(accession list):

然后再去下载即可啦。

 

你还可以直接在搜索GSE编号出现后的界面上直接点击sra run selector:

再选择需要的数据导出即可。

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可以使用Geotools库来读写shp文件。下面是一个简单的示例代码,可以读取shp文件并打印出其属性表信息: ```java import java.io.File; import java.io.IOException; import org.geotools.data.DataStore; import org.geotools.data.DataStoreFinder; import org.geotools.data.simple.SimpleFeatureCollection; import org.geotools.data.simple.SimpleFeatureIterator; import org.opengis.feature.simple.SimpleFeature; import org.opengis.feature.simple.SimpleFeatureType; public class ShpFileReader { public static void main(String[] args) throws IOException { // 读取shp文件 File file = new File("path/to/shapefile.shp"); DataStore dataStore = DataStoreFinder.getDataStore(file); String typeName = dataStore.getTypeNames()[0]; SimpleFeatureType schema = dataStore.getSchema(typeName); // 获取属性表信息 System.out.println("Feature Type: " + typeName); System.out.println("Number of attributes: " + schema.getAttributeCount()); System.out.println("Attributes: "); for (int i = 0; i < schema.getAttributeCount(); i++) { System.out.println(schema.getAttributeDescriptors().get(i).getName()); } // 获取要素信息 SimpleFeatureCollection collection = dataStore.getFeatureSource(typeName).getFeatures(); try (SimpleFeatureIterator features = collection.features()) { while (features.hasNext()) { SimpleFeature feature = features.next(); System.out.println(feature.getID() + ": " + feature.getDefaultGeometryProperty().getValue()); } } dataStore.dispose(); } } ``` 需要注意的是,需要在pom.xml中添加geotools依赖: ```xml <dependency> <groupId>org.geotools</groupId> <artifactId>gt-shapefile</artifactId> <version>24.0</version> </dependency> ```
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