一般文章中都会给出GSE,如在GEO中搜索:GSE81916。往下面翻翻,就会有一个samples属性:
我的理解就是GSE就是一项实验的代号,然后这个实验包含很多样本(samples)。例如这个GSE中就有15个样本。
随便点进去一个样本,往下翻,就会看到关联的SRA链接,里面一般放的测序的原始数据:
继续点击该链接(SRX for experiments),进入到该sample的具体处理页面,包括测序的结果(RUN):
继续往下点就可以下载啦。
或者你可以直接在搜索GSE后的界面点击SRP(SRP for studies,SRS for samples,SRX for experiments,SRR for RUNs)链接:
这就可以直接看到15sample的具体信息,如果你想直接导出所有的SRR编号(或者勾选部分),可以点击右上角send to->file->format(accession list):
然后再去下载即可啦。
你还可以直接在搜索GSE编号出现后的界面上直接点击sra run selector:
再选择需要的数据导出即可。