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RSS订阅原创 二代重测序运行过程中涉及到的基因组索引文件
delly使用时官方文件说需要基因组的index文件，没说哪种index（我觉得可能只有我有这样的困惑），直到我看见了example的数据文件……GATK call 变异时不仅需要基因组bwa的索引文件，还需要一个.dict的索引文件（注意dict前没有fna 或者 fa 的后缀）delly运行时需要的是fai的索引文件。暂时总结这么多，后续遇到再增加。
2024-04-07 21:46:30
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原创 vcf文件格式详解： 主要讲解FORMAT和之后的样本格式信息
记录的信息是GT基因判定的标准，随着测序深度的增加，一个位点的基因型三种类型都可能会出现（0/0，0/1，1/1 三者代表aa, Aa,AA a代表参考位点，A代表比对位点），那么应该判定该位点是什么基因型呢，就出现了PL的算法：归一化后各基因型的可能性。Genotype 基因型，主要包括 0/0 0/1 1/1。支持参考位点和比对位点的reads个数，因此有两个数值，参考位点，比对位点 DP 测序深度，其实等于AD的值的和。三个数值，依次代表0/0，0/1，1/1的可能性数值。
2024-04-06 01:02:07
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原创 问题---执行sh xxx.sh出现：Syntax error: “(“ unexpected (expecting “done“)
报错，Syntax error: “(” unexpected (expecting “done”)解决办法和原理，该博主说得十分清楚.
2024-03-17 02:49:43
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原创 RIdeogram使用报错，这坑总有一个你会踩……
end，value都是大写开头，包括需要准备的其他文件，文件名格式和列名一定要与RIdeogram示范文件一模一样！不是的哦，这个名称取决于上条命令设置的输入名称👇，默认是。哦，我亲爱的朋友们，这个报错看起来好像很严重，去看看工作路径，其实图已经出来了，这个。其实都是细节问题，列名设置和RIdeogram不一致。，如果要改输出名称，可以在convertSVG输出加参数。，或者直接去工作路径手动改运行出来的文件名吧。，或者在运行RIdeogram更改。2 ideogram导入数据报错。
2024-01-18 10:14:27
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原创 Docker镜像（本地tar文件）创建Singularity镜像（SIF文件）报错：FATAL: While performing build: conveyor failed to get: l
Docker镜像（本地tar文件）创建Singularity镜像（SIF文件）报错：FATAL: While performing build: conveyor failed to get: loading tar component manifest.json: archive/tar: invalid tar header解决办法
2023-08-12 15:58:31
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原创 新手用python嵌套for循环注意事项
需要明白一点的是，对于file这个文件的每一行，都把res文件遍历了一遍，相当于file文件有多少行，就把res文件打开了多少遍。（就是循环条件里尽量少设运算，只设循环满足条件，让循环能进行下去，这样能加快运算速度。那恭喜你，完美踩坑，因为整个代码运行下来，res文件就打开了一次啊，你不出错谁出错。那我再增加一点，当用for 打开文件时，对文件的每一行处理需要注意的事项。像我一般喜欢第一种方式，但对于嵌套for循环，可能就容易踩坑了。1 将循环次数多的循环放在内侧，循环次数少的循环放在外侧；
2023-04-27 10:43:49
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原创 关于第一列按染色体排序，第二列按照数值升序排序
“第一列能正常排序，第二列怎么不按数值排序，还是默认的排序方法呢？”关于第一列按染色体排序，第二列按照数值升序排序我踩的坑。
2023-03-31 00:47:21
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原创 非root用户无root权限安装python3.7.4出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法
问题：非root用户无root权限安装python3.7出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法问题来源，因为一般3.7以上版本编译安装时出现这种错误，是缺少libffi-devel依赖包即在安装3.7以上版本时，需要一个新的libffi-devel包做依赖或者说，在安装3.7以上版本前，需下载一系列的依赖包，需要哪些依赖包网上有博主写得非常好。......
2022-08-02 00:52:22
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原创 python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法
python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法；ggplot2坐标轴顺序不对或如何在折线图中加平均值的折线和点解决办法
2022-07-18 22:47:00
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原创 Linux下hmmer安装避坑必看
Linux下hmmer安装开始一切都很平常、普通，安装过程下方链接可以去看看笔者是安装官方文档翻译的，写得十分详细，安装方法多样添加链接描述我是用wget安装的，一步一步按照说明安装$ ./configure 参数这里我用了自定义目录，安装在storage/home/software/hmmer-3.3.2/其他的安装步骤没有差别，但安装完，路径添加到 bashrc文件中，用的export PATH="$PATH:/storage/home/software/hmmer-3.3.2/"其
2022-05-23 21:35:26
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原创 2020-12-09 blastp参数学习
blastp -query insertions.fasta -out insertions.rep.blast -db repbase -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num-threads 10 -max-target_seqs 5分析blastp 蛋白序列与蛋白序列的对比，自建了数据库，本人用于查找重复序列USAGE blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_st...
2022-05-13 17:46:11
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原创 ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
问题：linux中python3.5安装python-igraph用python导入igraph出现的问题：ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory困扰我太多天了，一直没找到解决办法，感谢博主一波????https://www.kanzhun.com/jiaocheng/352611.html亲身实践，设置为相对路径可行...
2021-08-24 16:43:43
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原创 LF转CRLF方法
LF转CRLF方法方法一：Notepad++ 编辑→档案格式转换→转换为Windows格式(适合小文件)我的文件太大，所以Notepad++卡了。。。。方法二：用 .strip(’\n’)，去除，打印的行自动输出CRLF（原因：我认为因为电脑是Windows格式）部分代码：for line in file1:line=line.strip(’\n’)print(line,file=out)根据下图（别的博客总结的）strip()函数默认删除头尾空格或换行符，所以我尝试用.strip(’\
2021-04-11 17:28:12
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原创 bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.
bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.这个问题我在外网上找到了答案????，https://www.biostars.org/p/228886/（原网址）其实是一个很小的问题，或许你的fasta文件里存在着空格、空行，总之，any space用python的strip()函数处理一下（文件小也可以手动删除），再重新bwa index 再bwa mem就可以运行下去了。这告诉我们，出现了问题在论坛上找不到答案，还可以百度啊，百度很
2021-01-26 16:39:01
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原创 笨办法学python——ex13.py
笨办法学python——ex13代码：from sys import argvscript,first,second,third,= argvprint(“The script is called:”,script)print(“Your first variable is:”,first)print(“Your second variable is:”,second)print(“Your third variable is:”,third)本人半小白一个，用的Jupyter Notebo
2020-12-21 14:41:19
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空空如也
空空如也
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