vcf文件格式详解： 主要讲解FORMAT和之后的样本格式信息

vcf文件格式详解：
主要讲解FORMAT和之后的样本格式信息
以二等位位点基因型解释为主
GT:AD:DP:GQ:PL

GT Genotype 基因型，主要包括 0/0 0/1 1/1 。0/0 是和参考基因组一致；0/1 是一条reads 突变，一条和参考基因组一致 也叫杂合snp；1/1 是两条reads都突变了，和参考基因不一致 也叫纯和snp
AD “Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”
支持参考位点和比对位点的reads个数，因此有两个数值，参考位点，比对位点 DP 测序深度，其实等于AD的值的和
GQ 和 PL是结合着看的:
PL记录的信息是GT基因型判定的标准，随着测序深度的增加，一个位点的基因型三种类型都可能会出现（0/0，0/1，1/1 三者代表aa, Aa,AA a代表参考位点，A代表比对位点），那么应该判定该位点是什么基因型呢，就出现了PL的算法：归一化后各基因型的可能性。归一化之后，数值越小代表基因型越可靠。
三个数值，依次代表0/0，0/1，1/1的可能性数值
而GQ是用于判断基因型的质量情况，数值为0-99，此值越大基因型质量值越好。
取自PL中第二小的数字，如果第二小的数字大于99，只取99。

另外还有多等位位点，理解意义和二等位位点差不多

附上两个参考链接（如果要全面了解vcf文件格式，就一定要看！）
看懂变异记录结果文件（VCF）
indel中出现了*星号的现象如如何解释

主要用于个人记录和理解，防丢失。欢迎补充。
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