RIdeogram使用报错,这坑总有一个你会踩……

本文讲述了在使用convertSVG和ideogram时遇到的警告与错误,包括可能的文件路径问题、列名一致性以及SVG文件命名规则。作者建议关注细节,如文件名大小写和与RIdeogram示例的一致性,以及正确设置输出文件名。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1 图片生成报错

> convertSVG("chromosome.svg",device = "png")
Warning message:
In checkValidSVG(doc, warn = warn) :
  This picture may not have been generated by Cairo graphics; errors may result

哦,我亲爱的朋友们,这个报错看起来好像很严重,去看看工作路径,其实图已经出来了,这个报错可以忽略跳过啦。

2 ideogram导入数据报错

> ideogram(karyotype = dng_karyotype)
Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "y2", value = numeric(0)) : 
  替换数据里有0行,但数据有17
In addition: Warning message:
In max(karyotype$End) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

或者这个报错
Error in round(rescale(mydata$Value, to = c(1, cnum))) : 
  non-numeric argument to mathematical function

其实都是细节问题,列名设置和RIdeogram不一致。仔细看,karyotype$End,mydata$Value end,value都是大写开头,包括需要准备的其他文件,文件名格式和列名一定要与RIdeogram示范文件一模一样!

3 随便改名

> convertSVG("chromosome11.svg",device = "png")
Error in read_data(svg) : 
  Argument 'svg' or 'css' must be a file path, url, or raw vector.

这个"chromosome11.svg" 看起来是不是很像输出文件名?不是的哦,这个名称取决于上条命令设置的输入名称👇,默认是"chromosome.svg",如果要改输出名称,可以在convertSVG输出加参数file = “xxx”,或者在运行RIdeogram更改output= ,或者直接去工作路径手动改运行出来的文件名吧。
在这里插入图片描述

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