【Maxent物种分布模型】气候变化对响尾蛇地理分布的影响

作者简介： 本文作者系大学统计学专业教师，多年从事统计学的教学科研工作，在随机过程、统计推 断、机器学习领域有深厚的理论积累与应用实践。个人主页

背景介绍

本文使用物种分布模型，对分布在美国俄亥俄州的两种响尾蛇类型：木纹响尾蛇(Timber Rattlesnake) , 森林响尾蛇(Crotalus horridus)建立地理分布模型。在分析模型之后，我们进一步讨论哪些气候变量对于这些物种的分布范围影响最大。我们也将预测2070年该物种的分布变化情况。

环境与物种数据

我们使用R语言实现代码。首先，加载必需的库。

library(raster)
library(rgdal)
library(maps)
library(mapdata)
library(dismo) 
library(rJava) 
library(maptools)
library(jsonlite)

建模使用的环境数据来自Worldclim. 我们使用2.5 arc seconds 经纬度当前与未来数据。

currentEnv=getData("worldclim", var="bio", res=2.5)

为了估计气候改变，我们使用RCP8.5, 假设温室气体排放持续增加到2100年。我们下载2070年的预测。

futureEnv=getData('CMIP5', var='bio', res=2.5, rcp=85, model='HE', year=70)
names(futureEnv)=names(currentEnv)

由于气候变量较多，有些彼此相关性强，我们在这里使用简单的变量。

currentEnv=dropLayer(currentEnv, c("bio2", "bio3", "bio4", "bio10", "bio11", "bio13", "bio14", "bio15"))
futureEnv=dropLayer(futureEnv, c("bio2", "bio3", "bio4", "bio10", "bio11", "bio13", "bio14",