SSR (misa + primer3 ) 设计SSR引物

wt12138

于 2021-02-19 11:54:25 发布

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文章标签： python java mysql 机器学习数据库

本文链接：https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/113878893

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先下载 primer3 和 misa 相关文件

# 下载 primer3
conda search primer3 
conda install -y primer3
# misa 相关的文件下载百度云里面的，其他网站的好像都不能用，自己改了一下之前的脚本可以正常运行

misa 相关文件放在百度云链接：https://pan.baidu.com/s/1C4eU30yyLr7iNGiuGEmPtg
提取码：dypg
文件包括misa.ini(参数设置), misa.pl(perl脚本)，p3_in.pl，p3_out.pl

misa.ini为SSR鉴定参数，默认：
definition(unit_size,min_repeats):1-10 2-6 3-5 4-5 5-5 6-5
interruptions(max_difference_for_2_SSRs):100
参数说明：1个碱基重复10次及10次以上；2个碱基重复6次及6次以上；3个碱基重复5次及5次以上；4个碱基重复5次及5次以上；5个碱基重复5次及5次以上；6碱基重复5次及5次以上的碱基重复序列算是微卫星序列。两个微卫星之间的距离小于100bp的时候，两个微卫星组成一个复合微卫星。