先下载 primer3 和 misa 相关文件
# 下载 primer3
conda search primer3
conda install -y primer3
# misa 相关的文件下载百度云里面的,其他网站的好像都不能用,自己改了一下之前的脚本可以正常运行
misa 相关文件放在百度云链接:https://pan.baidu.com/s/1C4eU30yyLr7iNGiuGEmPtg
提取码:dypg
文件包括misa.ini(参数设置), misa.pl(perl脚本),p3_in.pl,p3_out.pl
misa.ini为SSR鉴定参数,默认:
definition(unit_size,min_repeats):1-10 2-6 3-5 4-5 5-5 6-5
interruptions(max_difference_for_2_SSRs):100
参数说明:1个碱基重复10次及10次以上;2个碱基重复6次及6次以上;3个碱基重复5次及5次以上;4个碱基重复5次及5次以上;5个碱基重复5次及5次以上;6碱基重复5次及5次以上的碱基重复序列算是微卫星序列。两个微卫星之间的距离小于100bp的时候,两个微卫星组成一个复合微卫星。