生物信息学工具——vcftools手册（1）

生物信息学工具之vcftools（1）

vcftools安装

作者本人是用winscp连接了学校的平台，使用linux语言，对vcftools工具进行安装和使用。得到的结果基本都选用python进行处理或可视化。凡是软件都要从安装讲起。这次也不例外。
作者讲述的安装方法是基于linux语言的。

1.get一个安装包

可以从网上搜索一下vcftools很容易就能get到它的安装包。
这里放一个作者找到的网页链接：https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/
也可以通过作者的网盘获取作者使用的vcftools版本：#######这里有个坑，等着作者来填########

2.解压&安装

如果你的安装包是以压缩包形式下载的，就用下面的语句进行解压。

tar -xvf vcftools.0.x.xx.tar.gz

代码中vcftools.0.x.xx.tar.gz，替换成你下载的压缩包的具体名字。

VCFtools中的某些脚本要求VCF文件由bgzip压缩，并由tabix建立索引。
这两个工具都是tabix包的一部分，可以从这里下载：https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/

运行VCFtools Perl脚本，必须将PERL5LIB环境变量设置为包含Vcf.pm模块。操作语句如下：
对路径描述是到vcftools文件夹中src文件夹下的perl文件夹

export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/

现在编译程序。更改当前目录到指定的目标目录。

cd vcftools/	
./configure				
make
make install

默认情况下，编译后的程序现在位于vcftools/bin/目录中。
可能会出现一些常见的编译器错误，例如无法定位Vcf.pm或者无法找到zlib。
如果出现这种情况，请访问zlib页面以获得安装说明，或者编辑上面解释的PERL5LIB变量。

或者，如果已经使用git克隆了最新的存储库版本，请使用以下命令集安装vcftools:

cd vcftools/
./autogen.sh		
./configure			
make	
make install

为了能够在命令行中使用工具，我们需要把这些工具都加入到系统环境变量中。
语句如下：
vcftools加入路径时，对路径描述的一定要一直到bin文件夹下。

export PATH=$PATH:/data/software/vcftools/vcftools-build/bin/

作者的情况是，每次推出命令行，都要重新输入上面的语句，将bin文件夹加入到环境变量中。

文章参考vcftools使用手册，同时加入作者部分作者经验。如有版权问题，请联系作者，作者将及时删除。
vcftools手册链接：http://vcftools.github.io/man_latest.html