biopython
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这个作者很懒,什么都没留下…
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python使用本地blast
python 利用Bio.Blast.Applications 完成类似命令行的本地blastbiopython中常用的blast,包括其说明书(链接)中都没有介绍如何建立本地数据库。然而,由于我们在工作中可能会需要进行本地blast,并且利用本地建立的数据库作为使用。要从程序中跳出去,要求用户自己在cmd命令行中输入blast的语句,会显得程序十分不完善。因此,博主查阅了很多方法,最终找到了一个最有效的调用库的方法。本文将包含两种类型的思路(虽然只有第二个思路走通了,但是博主认为第一种方法更加灵活原创 2021-07-14 11:24:41 · 1959 阅读 · 0 评论 -
Biopython--SeqIO中record.features解析
BiopythonBiofeatures1.type2.location3.qualifiersBiofeaturesBiofeatures是BioIO中的一部分。整个程序使用之前需要输入from Bio import SeqIOfrom Bio import SeqIO#先建立一个SeqRecord对象SeqIO.read(序列文件名称,序列形式)record = SeqIO.read("AB042240.3.gb","genbank")#获取文件中全部features,即所有的gene,原创 2021-06-03 11:35:33 · 1020 阅读 · 0 评论