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原创 pycharm和git, pull前修改的东西消失了怎么办?

pycharm + git , pull拉取之前做的修改和新建文件,在拉取之后消失了的解决方法。

2022-12-05 17:18:34 265

原创 python跳过指定行数读取文件

我们经常在readfile时会有前几行不想要的情况,但是好像没有什么好的办法解决。因此,可以利用文件操作中readfile()会把开始读取文件的位置进行变化的特点,来完成这一个目标。

2022-07-27 10:54:40 940

原创 dataframe+seaborn绘制直方图和箱式图

dataframe+seaborn绘制直方图和箱式图先放一张效果图让大家看看是不是自己需要的教程。这里需要有两个部分的知识,我们先来说dataframe。1.dataframecsdn上有关pandas的教程很多,由于博主还拖延的没有系统学习,这里只讲一些自己在写代码时碰到的困惑和自己的理解。博主之前其他博客也有一些有关data frame的使用的一些小操作,在这篇博客中也会用到。首先,我们引入一个数据表格。这里作者用的是txt格式的一个表格,引用方法如下:然后,我们需要从这个表格里挑出来自

2022-03-23 15:54:56 1376

原创 Python Pandas DataFrame取列

Python Pandas DataFrame取列1.取一列首先我们建立一个dataframe结构:df>>> import numpy as np>>> import pandas as pd>>> dfd = {11:["a","b","c"],22:["d","e","f"],33:["g","h","i"]}>>> df = pd.DataFrame(dfd)得到如下,列名为11,22,33的一个3*3矩阵&g

2021-12-09 12:05:17 19433 1

原创 NCBI中对所有原核生物ANI计算的统计结果简单讲解

NCBI中对所有原核生物ANI计算的统计结果简单讲解来龙去脉还没搞清楚,就先从结果切入。放上一个计算结果的链接https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/里面有一个文件ANI_report_prokaryotes.txt就是最终的统计结果。根据README_ANI_report_prokaryotes.txt这个文件里面的介绍可以看到:1.这个文件是时刻更新的2.这里面包含了对于Genbank中所有提交的原核生物基因组的ANI信息3

2021-12-04 17:38:33 886

原创 python pandas定位表格中的某一单元并修改——at

python pandas定位表格中的某一单元并修改——at首先,我们创造一个用来进行测试的dataframeimport pandasdata = [['aaa','abc1','abc2'],['bbb','bc1','bc2'],['ccc','c1','c2']]df = pandas.DataFrame(data,columns=['id','g1','g2'])得到的表格如下:然后,我们取id这一列头下的列值,对整个表格重构。df.set_index('id',inplace=

2021-09-02 23:13:59 1872

原创 python使用本地blast

python 利用Bio.Blast.Applications 完成类似命令行的本地blastbiopython中常用的blast,包括其说明书(链接)中都没有介绍如何建立本地数据库。然而,由于我们在工作中可能会需要进行本地blast,并且利用本地建立的数据库作为使用。要从程序中跳出去,要求用户自己在cmd命令行中输入blast的语句,会显得程序十分不完善。因此,博主查阅了很多方法,最终找到了一个最有效的调用库的方法。本文将包含两种类型的思路(虽然只有第二个思路走通了,但是博主认为第一种方法更加灵活

2021-07-14 11:24:41 957

原创 Biopython--SeqIO中record.features解析

BiopythonBiofeatures1.type2.location3.qualifiersBiofeaturesBiofeatures是BioIO中的一部分。整个程序使用之前需要输入from Bio import SeqIOfrom Bio import SeqIO#先建立一个SeqRecord对象SeqIO.read(序列文件名称,序列形式)record = SeqIO.read("AB042240.3.gb","genbank")#获取文件中全部features,即所有的gene,

2021-06-03 11:35:33 534

原创 生物信息学工具——vcftools手册(1)

生物信息学工具之vcftools(1)vcftools官网说明的翻译和使用说明作者本人是用winscp连接了学校的平台,使用linux语言,对vcftools工具进行安装和使用。得到的结果基本都选用python进行处理或可视化。安装我们凡是软件都要从安装讲起。这次也不例外。作者讲述的安装方法是基于linux语言的。1.get一个安装包可以从网上搜索一下vcftools很容易就能get到它的安装包。这里放一个作者找到的网页链接:https://sourceforge.net/projects/

2020-07-11 16:35:26 3330

原创 python绘图坐横坐标轴显示

python matplotlib绘图——使横坐标轴显示指定内容在python 绘图的时候直接plot会出现横坐标轴显示为浮点数得情况。举个栗子:使用代码:import matplotlib.pyplot as plty = [7.1,7.2,7.3,7.4,7.5]x = list(range(0,5))#自动生成0,1,2,3,4这几个数,并添加到list中plt.plot(x,y)plt.show()得到结果图如下:可以看到途中我标出来的坐标轴使浮点数的形式。解决方法:只需

2020-07-08 18:38:03 11583 2

原创 windows设置路径Path

Windows设置路径Path一.为什么要设置路径在安装编程软件和各类软件的时候常常徐要设置路径才能够正常的运行。大概意思是如果不设置路径,计算机在运行程序的时候就不知道去哪里调用一些东西。比如python的pip install,就需要先把python安装位置添加到系统路径变量中。还有vcftools等等一系列软件(当然这些我主要是在linux上用,但是也需要添加到路径)但是再具体的机理笔者也无法解释的很清楚了。二.手把手教你设置路径对于不同的软件,需要添加到路径中的文件夹不同。vcftoo

2020-06-29 09:59:30 8423

原创 github代码种类显示

GitHub中自动识别代码识别不出来的问题笔者在使用git的时候有时候会发现不能自动识别出来语言是哪一种。查了各种网上的帖子,大多数的解法都是添加.gitattributes文件。这个的作用是为了将不同种类的代码都显示为一个一种。而笔者这个问题呢,实在是很小白了。经过一番试探,最终解决方法其实就是给文件命名的时候要加好后缀。git似乎是根据后缀来判断代码形式的。比如是python代码就要在命名时命名为:‘老王的代码.py’。这个“.xxx”才是关键,设置完了之后刷新一下就有高亮啥的格式啦。最后放一个

2020-06-29 09:09:47 549

原创 Androidstudio 动态生成按钮--1

Androidstudio 动态生成按钮–将本地的文件生成对应的按钮最开始的话:Android和java编程新手,遇到的都是很基础的问题,有些思路和解释可能有问题,都是自己的一些理解,欢迎大佬指点。由于需要生成多个按钮访问不同的本地文件,所以这个程序有几个目的:获取本地文件名列表(或者能代表本地文件的某种表示)程序能够自动生成多个按钮程序生成按钮的时候能够将文件名设置为按钮上的文字为每个按钮设置监听监听转到对应的其他活动并将文件名传输给下一个活动因此程序涉及到几个技术:本地文件读取,储

2020-06-16 11:24:58 2485

Biofeatures教程.py

Biofeatures教程.py

2021-06-03

空空如也

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