pymatgen画能带投影的态密度图

本文介绍如何使用Python库PyMatGen从VASP计算结果中解析带结构和态密度数据,并利用matplotlib进行可视化。通过Vasprun类读取vasprun.xml文件,获取带结构和完整态密度数据,再使用BSDOSPlotter类定制化地绘制带状图和态密度图,展示了不同投影类型和能量范围的选择。

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import matplotlib.pyplot as plt
from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun
from pymatgen.electronic_structure.plotter import BSDOSPlotter,BSPlotter,BSPlotterProjected,DosPlotter
bs_vasprun = Vasprun("vasprun.xml",parse_projected_eigen=True)
bs_data = bs_vasprun.get_band_structure(line_mode=True)
dos_data=bs_vasprun.complete_dos

 

banddos_fig = BSDOSPlotter(bs_projection=None, \
dos_projection=None, vb_energy_range=-5, \
fixed_cb_energy=5)
pbandpdos_fig = BSDOSPlotter(bs_projection='elements', dos_projection='elements',\
                             vb_energy_range=3, fixed_cb_energy=5)
pbandpdos_fig.get_plot(bs=bs_data, dos=dos_data)

 

### VASP结合Phonopy计算态密度的方法 在材料科学领域,VASP Phonopy 是两种常用的计算工具组合。虽然 Phonopy 主要用于声子谱的计算,但它也可以辅助生成所需的输入文件来析电子态密度 (DOS, Density of States) 或投影态密度 (PDOS, Projected Density of States),尤其是在涉及晶格振动效应的情况下。 以下是关于如何使用 VASP 结合 Phonopy 来计算态密度的具体说明: #### 1. 基础设置 为了计算态密度,首先需要准备一个优化后的晶体结构文件 `POSCAR`。这一步可以通过标准 DFT 能量最小化过程完成[^1]。确保得到的能量最低状态下的几何构型作为后续计算的基础。 #### 2. 构建超胞并引入扰动 利用 Phonopy 的功能构建超胞(Supercell)。对于有限位移法来说,这是非常重要的一步,因为力常数是从这些带有微小原子位移的配置中提取出来的。执行如下命令可以自动生成所需的一系列 POSCAR 文件以及对应的 FORCE_SETS 输入模板: ```bash phonopy --dim="2 2 2" -d --mesh="10 10 10" ``` 这里 `-d` 参数指示程序创建具有轻微偏移的新位置;而 `--dim` 定义了超胞尺寸大小。 #### 3. 执行 VASP 计算 针对每一份由上一阶段产生的 POSCAR 文件运行完整的 SCF/VASP 流程。注意,在 INCAR 中开启 DOS 相关选项以便收集必要的数据用于后期处理: ```plaintext LORBIT=11 ! 开启投影态密度计算 ISMEAR=-5 ! Gaussian smearing method recommended for DOS calculations SIGMA=0.05 ! Smearing width parameter NEDOS=2000 ! Number of points used to sample the energy range in eV^-1 units. IBRION=-1 ! No relaxation during this run since we only need forces/energies at fixed positions. NSW=0 ! Same as above line but explicitly stating no structural optimization will occur here either. ``` #### 4. 收集结果与后处理 当所有独立作业完成后,将所有的 OUTCAR 数据整理成适合 Phonopy 处理的形式——即所谓的 force_sets.hdf5 文件。之后调用 phonopy 进行最终的动力学矩阵组装及频谱解析操作即可获得目标系统的总态密度曲线图象[^2]。 此外,如果希望进一步探讨温度效应对电子结构性质的影响,则可采用准简谐近似(QHA)[^3]扩展上述流程至不同体积尺度下重复相同的操作序列从而绘制出随温变化的趋势图表。 ```python import matplotlib.pyplot as plt from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun vasp_data = Vasprun('vasprun.xml') dos = vasp_data.complete_dos plt.plot(dos.energies-dos.efermi,dos.densities[Spin.up],'r-',label='Total DOS') plt.xlabel('Energy (eV)') plt.ylabel('Density of states (#/eV/unit cell)') plt.title('Electronic density of states calculated with VASP and Phonopy setup.') plt.legend() plt.show() ```
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