RSS订阅原创 cpptraj对于轨迹的浓缩
如果在运行分子动力学的时候，轨迹文件的步长设置的太短，或者输出文件输出的太频繁，这样会导致生成的nc文件非常大，此时可以对轨迹进行处理，提取比较少的帧。1 假设轨迹文件共有8000帧，从第一帧到第八千帧，每4帧提取一帧。以DNA纳米管为例，加入其起始的拓扑文件为end.prmtop，跑出来的轨迹文件为prod.nc（共8000帧）。（1）对轨迹进行处理：（并且将轨迹文件里的）>p...
2018-10-15 11:05:12
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原创 VMD使用
1 删除已经加载到窗口的分子第一种：在“ VMD main”中选定该分子，然后在“VMD Main”中，Molecule——Delete Molecule第二种：在“VMD Main”中，Extentions——Tk Console,然后在“VMD TkConsole"中，输入 mol delete all,然后按回车，就删掉啦。2 显示原子名称，键长，键角，二面角。一开始在VMD...
2018-09-04 15:54:17
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原创 amber教程C2
含12个碱基对的DNA由A型向B型的转换，并进行了一些结果分析。将A型DNA进行最小化，加热，平衡、动力学模拟得到的轨迹进行动力学分析。前三步均对DNA进行了限制。这个教程里还分别对生成的轨迹文件，以及parm文件进行了去水处理，但由于缺少parm的python脚本文件，我便没有进行去水处理，直接进行了轨迹的分析。需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。1、测量RMS...
2018-09-04 15:47:33
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原创 cpptraj
1amber官网教程C0。大概内容：如何载入拓扑和轨迹文件，以及查看。如何计算轨迹中，某两个特定残基质心之间的距离。详细信息：这个教程里的结构有13个残基，1201帧。（1）载入拓扑文件：>parm trizip2.ff10.mbond.parm7（2）可以查看以下拓扑文件的具体信息：>list parm ...
2018-08-31 15:44:58
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原创 DNA六元纳米管-续
最后调整出来的在AMBER构建百分之八十的100mM的氯化钠乙醇溶剂的方法：（1）在GROMACS采用insert的方法插入既定数量的乙醇分子和水分子。（2）百分之八十是质量浓度，别按体积浓度算（3）等盒子收敛到一定程度的时候，再根据体积算出来要多少氯化钠分子。（4）由于盒子收敛的时候体积变化太大，会报错：SANDER BOMB in subroutine nonbond-li...
2018-08-03 11:18:09
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原创 学习汇报-2018.07.18
1 当在GROMACS中体系太大，而使用隐式水时，按照以下步骤：Pdb2gmx时，不输入-water，然后在选水时，选择7，none 加入盒子，使用gmx editconf，正常加盒子就行 加入离子，加离子的方法：1) 自己做一个离子的gro文件，例如这样子的(命名为NA.gro)：2) 使用gmx insert-molecules插入离子gmx insert-molecule...
2018-07-18 09:30:36
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