水分子势能曲线

GaussianView5.0+Gaussian09，不得不说，这两个软件简直就是量化计算的神器！但是网上提供的教程并不多，一些专业知识我也是刚刚从论文中获得的。我现在用到了就是通过GaussianView5.0绘制分子结构，调整分子结构，编写脚本程序，扔到Gaussian软件中算。

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Step1:画分子初始结构

在GaussianView软件中绘制水分子结构，百度有一些教程，首先选择成键的类型、然后选择相应元素的原子往键上放。为了方便后面调整结构，可以在GaussianView中点击View→Labels，给每个原子编号。

Step2:生成内坐标

在GaussianView把原子信息表调出来，查看笛卡尔坐标、Z-矩阵......

通常在计算原子比较多的较大分子时，如果需要改变分子结构，还需要消除原子之间的依赖性：可以通过手工修改原子编号。造成这种冲突的原因是因为某些分子的对称性。

然后添加扫描想信息：打开Scan界面：

点击OK后，把鼠标移至紫色框的“G1:M1:V1”中，用Ctrl+S保存，主要保存时，要取消Write Cartesians的勾选。

此时，H20的内坐标文件已经生成

但是要注意的时，这个内坐标文件有时候并不是最后可以运行的文件，对于我此次试验来说就不是的。。。首先，要改一下计算单点能的方法，通常有HF、DFT、MP2、MP4等量化计算方法，这些都是围绕量子力学而发展的，求解薛定谔方程(你懂得。。)这里我选择了HF，因为需要的CPU和内存不多(在实验室的话一般就在服务器上跑了)。后面的3-21g是基组，基组有很多，我看的论文有很多都是基于CCSD(T)的，这个需要的计算量也比较大。

Step3:Scan一下

在Gaussian09中选择file→open打开生成的.gjf内坐标文件。打开后可以按下右上的运行按钮，如果有错误的话，软件会在第一时间报错。

结束的标志就是“Normal”

由于H2O分子体系相对小，并且我只修改了其中一个键长，步数只有20，所以运行很快，1分钟就OK了。

Step4:扫描结果

不算初始的参数，步数为20，总共有21种，构型如下（看起来变化不大，步长太小）：

点击Results→Scan..，可以看到分子势能随键长的变化图，右键该图，save data到本地中，利用Origin软件作出该带点折线图。

从该图可以看出，随着该键长的增大，势能在增加， 但并不能看出极小值点和极大值点。因此还需要修改分子构型，改变另一个键长和分子的键角，获得更多的单点能。可想而知，对于大分子的体系，自由度大之大，其计算量之大。

 

前方的路还很长！！！！