FastQ思考之库表结构正向由代码生成

最新推荐文章于 2024-08-25 11:34:35 发布
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分类专栏： 解决方案
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韩慧兵
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维基百科：FASTQ格式
03-22
不同的测序平台可能在FASTQ格式的某些细节上有所不同，比如质量得分的计算方式，但基本的四行结构保持不变。 FASTQ格式的详细介绍和规范可以在其官方网站找到，随着技术的不断进步，相关的规范和标准也可能会更新。...
Python-从Python高效处理FASTQ文件
08-10
在Python中处理FASTQ文件，可以利用各种库，如`Biopython`、`pysam`或自定义代码。`Biopython`是一个强大的生物信息学库，提供了读取和操作FASTQ文件的API。 使用`Biopython`处理FASTQ文件的步骤如下： 1. 导入`...
FastQ之库表初始化、数据初始化
a18826265589的博客
11-11 72
使用场景 1.服务在启动的时候，自动检测系统表和关键数据是否完整，如果不完整进行修复 涉及到的知识点 ServletContextListener, ServletContextAttributeListener, HttpSessionListener, HttpSessionAttributeListener, HttpSessionActivationListener, Ht...
数据库和软件架构设计，也可能是乙方公司被拒之门外的原因之一
sql server的专栏
12-15 218
最近业务部门在选择新的AF 系统（具体不能说的太细，能明白AF在某个行业代表什么的估计能看的懂）。之前业务部门购买系统一直是平自己的喜好，功能满足，几百万就花出去。可惜的是功能是满足了，...
MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-05 8424
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末阅...
基于BWA，Bowtie2，Salmon和SAMtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比（20231217更新）
zrc_xiaoguo的博客
12-16 3416
计算contigs的丰度一般使用assembly的结果，计算基因风度时一般用prodigal的结果，prodigal结果中建议同时输出蛋白序列和核酸序列文件，基因注释是一般使用diamond需要使用蛋白序列，而这里计算丰度需要与原始核酸序列进行比对，所以这里要用核酸序列，prodigal输出的核酸序列和蛋白序列id一样，所以只需要最后以序列id进行mapping就可以了。
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2022.5)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-01 5669
欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看...
果蝇基因组连结：非洲、欧洲和北美600多个果蝇黑色素基因组数据库
weixin_28713083的博客
08-25 962
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：果蝇基因组研究在遗传学和进化研究中至关重要。"果蝇基因组连结"数据库汇集了来自非洲、欧洲和北美的600多个果蝇黑色素基因组，并提供了生成这些序列的脚本和管道命令。研究人员可以使用这些资源来了解果蝇基因组分析的完整流程，包括DNA提取、测序、质量控制、组装和注释。 1. 果蝇基因组连结数据库简介 果蝇基因组连结数据库（Fly...
宏转录组学研讨会
zd200572的博客
03-28 1002
这项工作已获得知识共享署名-相同方式共享4.0国际协议的许可。这意味着您可以复制，共享和修改作品，只要结果以相同的许可证分发即可。 本教程由Mobolaji Adeolu（adeolum@mcmaster.ca），John Parkinson（john.parkinson@utoronto.ca）和Xuejian Xiong（xuejian@sickkids.ca）制作。 注意，这个教程的软件运行...
bs自用教程
qq_45144772的博客
07-24 481
参考以下示例：我们的目标是找到差异表达的基因，以响应 LNCaP 和 PC3 细胞系的缺氧。因此，我们将选择 两种细胞系的对照样品（Empty_Vector LNCaP 和 siCtrl 的对照样品 对于PC3），在常氧或缺氧条件下。具体下表概述了我们需要下载的示例：NCBI以序列读取存档的形式存储测序数据 （SRA） 文件。每个样本都与一组 SRA 相关联 入藏号，如上所示。首先，我们需要下载SRA 针对每个示例运行。然后，我们将使用 SRA 文件生成 FASTQ 文件。
extract_barcodes.py切除拼接后fastq文件正向引物前的barcode序列的具体代码
最新发布
09-28
在这个Python程序中，通常会使用一些生物信息学库，如Biopython，来完成这个任务。以下是一个简化版的基本代码示例： ```python from Bio import SeqIO import re def extract_barcode(fastq_file): # 假设条形码...
用Rust编写的 FASTQ 配对算法_rust_代码_下载
06-12
Rust 中的 Fastq 配对算法 尝试对不同的 fastq 配对方法进行基准测试，以确定内存和运行时之间的权衡。 方法 描述 资源 存储读取 迭代 R1 并存储。迭代 R2 并写出。 两者兼而有之 同时遍历 R1/R2。找到成对的写入/...
基于Mybatis+Spring+SpringAOP实现Mybatis多数据源切换
10-30 2810
Mysql主从热备份：http://www.cnblogs.com/hanhuibing/articles/4772857.html 　　　 其实在进行项目开发的时候，一个项目有可能不止用到一个数据源，为了提高数据库的水平伸缩性，需要对多个数据库实例进行管理，需要配置多数据源。 一、开篇 这 里整合分别采用了Hibernate和MyBatis两大持久层框架，Hibernate主要完成增
FastQ思考系列之EasyUI页面按钮权限控制
10-30 1604
将权限粒度细化至按钮,实现拥有权限时，显示按钮，否则不显示 页面代码 1 2 $(function() { 3 $('#admin_yhgl_datagrid').datagrid({ 4 url : '${pageContext.request.contextPath}/userAction!datagrid
对业务分析中常见智能化设备的梳理（20220803）
08-03 1508
智能化设备在园区、港口、码头、仓库业务中存在大量的应用需求，在方案编制等工作中经常会用到这些知识，故做梳理用于后期拿来即用。
SpringAOP+注解+反射实现日志功能
10-30 1222
知识点一：Java反射 http://www.cnblogs.com/hanhuibing/articles/4754310.html 知识点二：Java注解 http://www.cnblogs.com/hanhuibing/articles/4754385.html 知识点三：Java注解解析器 http://www.cnblogs.com/hanhuibing/articles/4
分享一个html+js+ashx+easyui+ado.net权限管理系统
10-30 1083
EasyUI、权限管理 这是个都快被搞烂了的组合，但是easyui的确好用，权限管理在项目中的确实用。一直以来博客园里也不少朋友分享过，但是感觉好的要不没源码，要不就是 过度设计写的太复杂看不懂，也懒得去看懂，还有一些不是在推广自己的代码生成器就是在卖权限组件，看着漂亮的UI和完善的功能就是没源码学习，真是恼人。 前段时间公司项目阶段性结束了，就抽空把权限控制的部分抽取出来写了个html+js+
符合我公司GIS开源解决方案的探讨
10-30 819
1.前言 这一周，我对GIS开源解决方案中涉及到的开源软件以及相关技术和流程做了一些初步的探索，也了解了一下其他公司利用开源方案做的比较成熟的案例。 这里我将一些技术关键点的预研做一下总结，同时对其他公司开源成功案例做一个分析，并提出个人认为目前最符合公司实际的GIS开源解决方案。 2.技术关键点预研 2.1空间数据入库（postgreSQL+postGIS） 利用postGIS将shp数
从fastq文件开始，给出分析代码
09-09
以下是一个简单的示例，使用Python语言结合`BioPython`库来分析FASTQ文件。 首先，你需要安装`BioPython`库，可以使用pip进行安装： ```bash pip install biopython ``` 然后，你可以使用以下代码从FASTQ文件中...
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