2018年11月_xiaoxifei

12月 11月 10月 09月 08月

原创 Dicom图像去tag标签版本1（完整代码）

有时候拿到的Dicom图像是设备商打上tag标签的，这种标签的灰度值明显高于或者低于人体组织，在后续的算法中如果需要对图像进行归一化或者规范化处理，如果不能去掉这个标签，因为其灰度值的差异会显著影响归一化的结果从而导致最终的结果异常（这一点本人在深度学习模型上测试过）。标签如下图所示：这个R就是典型的标签去除标签的目的，不仅仅在于将这个值改为一个别的什么值，还需要确保这个区域的更改不能引起...

2018-11-26 17:41:20 1659 1

原创 Pytorch 训练与测试时爆显存(out of memory)的一个解决方案

Pytorch 训练时有时候会因为加载的东西过多而爆显存，有些时候这种情况还可以使用cuda的清理技术进行修整，当然如果模型实在太大，那也没办法。使用torch.cuda.empty_cache()删除一些不需要的变量代码示例如下：try: output = model(input)except RuntimeError as exception: if "out of...

2018-11-23 11:06:22 68629 49

我使用Pytorch进行模型训练时发现真正模型本身对于显存的占用并不明显，但是对应的转换为tensorflow后（权重也进行了转换），发现Python-tensorflow在使用时默认吃掉所有显存，并且不手动终结程序的话显存并不释放（我有两个序贯的模型，前面一个跑完后并不释放占用显存）（https://github.com/tensorflow/tensorflow/issues/1727），这一...

2018-11-22 13:19:24 7360 1

原创 Pytorch 使用opnecv读入图像由HWC转为BCHW格式

传统使用opencv自带的swapaxes进行转换，然后使用pytorch的from_numpy转为tensor例如：img = img.swapaxes(1,2).swapaxes(0,1)但是有一个常用的图像增广模块albumentations模块中的img_to_tensor进行直接转换注意：我这里使用unsqueeze是为了验证模型的输出，如果使用pytorch的dat...

2018-11-16 17:09:34 5803

原创医学DR图像是否需要反色的自适应判断

有些时候碰到的Dicom数据中的tag值是标错的，本来需要进行Inverse的图像，但是在Tag的相应字段并没有标出，导致dicom中的图像内容在进行后续处理时没有进行反色而导致后续算法计算错误。比如需要反色的下图：这时候就需要基于图像本身的性质来建立自适应的判断为最终反色与否再把一道关。根据图像本身的性质进行反色基于一下一点假设： DR中的人体成分占整张图像的绝大多数这个假设...

2018-11-13 15:21:30 1168

原创 Cycle-GAN 模型介绍----原理简介

背景：Cycle-GAN是一个2017年推出的直击产业痛点的模型。众所周知，在一系列视觉问题上是很难以找到匹配的高质量图像作为target来供模型学习的，比如在超分辨领域内对于一个低分辨率的物体图像，未必能找到同样场景的高分辨率图像，这使得一系列深度学习模型的适应性有限。上述的困难总结起来就是：由于模型训练时必须依赖匹配的图像，而除非有目的的去产生这样的图像否则无法训练，并且很容易造成数据有偏...

2018-11-07 21:16:40 18002 1

基于贝叶斯估计的NLM改进型算法

在非局域均值滤波基础上，基于贝叶斯估计进行的改进；重点是基于贝叶斯估计改进了非局域均值滤波中判定相似块的方法

2020-05-13

gaussian_blur_freq.py

高斯频域滤波代码，可以直接使用；通过改变权重值的取向后，可方便切换高通与低通滤波。该代码是描述原理的脚本文件，此代码本身可以直接使用，也可根据该代码进行c、c++ 改写，直接翻译改写就行，不需调用过多包

2019-11-22

图像好坏挑选训练模型完整项目文件

该模型是一个简单的模型，封装AlexNEt和Resnet，用来判断图像是否存在异常，比如图像中存在大面积的内容缺失、比如正常图像中有大量的噪声点、比如图像中有其他物体形状进行干扰，该文件用于训练一个模型来判断图像中是否有这样的问题。正常图像放到normal文件夹下，异常图像放到ab文件夹下。这里的代码是训练与测试的圈套代码

2019-04-23