XIUXIU179的博客

作为编程小白，首先当然是去找别人的代码啦。我们可以看到无非就几种，一个是用linux，另外就是用python。我试了几种，首先是网上写的python的，结果就是代码没有出错但就是没有结果~如果有需要就拿去吧，也不知道你们的结果是不是出的来。因此我就换了另一种，用linux命令。但是我是windows系统和linux双系统。linux系统其实我还不太熟悉，所以我就在windows系统下装了一个ubuntu,然后在里面写的代码实现的。我是windows10系统直接在Microsoft商店里面就可

BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包，里面包含了很多的工具，可以用来直接读取fasta格式。windows 系统下使用pip方式：pip install biopython但是我电脑输入此命令行后并没有成功安装，有一些报错出现，因此我们得一个个解决报错才能成功下载。我们可以看到电脑里面并没有“wheel”这个包，因此我们安装此包后再此尝试。发现并没有报错，只是有警告，要我更新版本，所以不管，继续下载。(╯▽╰)老老实实的按它要求跟新吧，结

1.1）测序质量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。Phred 功能是处理测序仪直接生成的色谱图，给出相应的碱基和质量值。不同的测序仪会给出不同的色谱文件，Phred 能够识别三种格式的色谱文件，SCF, ABI 和预先处理的 ESD 格式。 碱基的测序质量值 Q 和此碱基出错的概率 Pe 相关。公式：Q = -10 log10( Pe )。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值，这个质量值的计算与测序预期错误率相...

*.asn = ASN.1 (Abstract Syntax Notation 1) file NCBI的一种特定格式，包括完整的注释信息，可以用如sequin等软件打开；*.faa = FASTA Amino Acid file 全部蛋白序列文件；*.ffn = FASTA nucleotide coding regions file 全部核酸序列文件；*.fna = FASTA Nucleic Acid file 完整的基因组序列文件（一条序列）；*.gbk = GenBank flat f.

Using Bioconductor现在最新的Bioconductor的版本是3.12；用R旧版本的需要去更新；如果已经安装了最新版本的R并且已经想更新最新版的Bioconductor，可以用下面的代码。if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version = "3.12")用BiocManager::insta