在Windows系统下下载biopython

最新推荐文章于 2024-09-11 13:40:22 发布
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分类专栏： 生物信息
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本文介绍了在Windows系统下安装BioPython时遇到的问题及解决方案。通过使用pip安装时遇到的错误，发现缺少wheel包，安装wheel后仍有警告但不阻碍继续。接着发现系统未安装Visual C++ 14.0，下载并安装后问题解决，最终在Python IDE中验证安装成功。
摘要由CSDN通过智能技术生成

BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包，里面包含了很多的工具，可以用来直接读取fasta格式。windows 系统下使用pip方式：

pip install biopython

但是我电脑输入此命令行后并没有成功安装，有一些报错出现，因此我们得一个个解决报错才能成功下载。

我们可以看到电脑里面并没有“wheel”这个包，因此我们安装此包后再此尝试。

发现并没有报错，只是有警告，要我更新版本，所以不管，继续下载。

(╯▽╰)老老实实的按它要求跟新吧，结果:

最低0.47元/天 解锁文章
Bio-python
08-17
Biopython 用来做生物信息，很不错！
BioPython_Tutorial.pdf
08-18
Chapter1 Introduction 1.1 WhatisBiopython? TheBiopythonProjectisaninternationalassociationofdevelopersoffreelyavailablePython(http://www. python.org)toolsforcomputationalmolecularbiology.Thewebsitehttp://www.biopython.orgprovides anonlineresourceformodules,scripts,andweblinksfordevelopersofPython-basedsoftwareforlifescience research. Basically,wejustliketoprograminpythonandwanttomakeitaseasyaspossibletousepythonfor bioinformaticsbycreatinghigh-quality,reusablemodulesandscripts. 1.1.1 WhatcanIfindintheBiopythonpackage ThemainBiopythonreleaseshavelotsoffunctionality,including: •Theabilitytoparsebioinformaticsfilesintopythonutilizabledatastructures,includingsupportfor thefollowingformats: –Blastoutput–bothfromstandaloneandWWWBlast –Clustalw –FASTA –GenBank –PubMedandMedline –ExPASyfiles,likeEnzyme,ProdocandProsite –SCOP,including‘dom’and‘lin’files –UniGene –SwissProt •Filesinthesupportedformatscanbeiteratedoverrecordbyrecordorindexedandaccessedviaa Dictionaryinterface. •Codetodealwithpopularon-linebioinformaticsdestinationssuchas: –NCBI–Blast,EntrezandPubMedservices –ExPASy–ProdocandPrositeentries •Interfacestocommonbioinformaticsprogramssuchas: 5 –StandaloneBlastfromNCBI –Clustalwalignmentprogram. •Astandardsequenceclassthatdealswithsequences,idsonsequences,andsequencefeatures. •Toolsforperformingcommonoperationsonsequences,suchastranslation,transcriptionandweight calculations. •CodetoperformclassificationofdatausingkNearestNeighbors,NaiveBayesorSupportVector Machines. •Codefordealingwithalignments,includingastandardwaytocreateanddealwithsubstitution matrices. •Codemakingiteasytosplitupparallelizabletasksintoseparateprocesses. •GUI-basedprogramstodobasicsequencemanipulations,translations,BLASTing,etc. •Extensivedocumentationandhelpwithusingthemodules,includingthisfile,on-linewikidocumen- tation,thewebsite,andthemailinglist. •IntegrationwithBioSQL,asequencedatabaseschemaalsosupportedbytheBioPerlandBioJava projects. WehopethisgivesyouplentyofreasonstodownloadandstartusingBiopython!
python下如何安装biopython
weixin_30502965的博客
11-29 1563
本来是自学python，后来又了解到有biopython这个包，将想安装下来，结果折腾了我一上午。。。终于安装成了，哈哈哈，功夫不负有心啊 过程如下： 1、首先去http://biopython.org/wiki/Download现在一个biopython 　　因为我用的是win7，所以一开始我下载的是biopython-1.68.win32-py3.5.exe2Mb – 32 bit ...
离线安装/使用dssp
Depaysement_YR的博客
09-11 328
③到指示的文件夹内，将mkdssp文件下载下来，传输到超算平台的对应文件夹（主要为报错信息指示的找不到文件/文件权限被拒绝的位置，如我的为/gs/home/anaconda3/envs/HPC/lib/python3.9/site-packages/Bio/PDB/）判断是否处于某环境中，可通过看终端指令前是否有（），如（base）XXX@Tiger3:~$，则说明在base环境中，也建议先退出，否则容易造成环境层数的叠加，导致后续指令的错误。⑦在运行脚本中的dssp指令行中，添加指定地址。
Biopython之下载
kuroooko的博客
02-11 245
如果用handle.read()返回为#返回一个列表，列表元素为，其中只包含分子类型（如基因）但不包含基因名字。File "d:\python_workspace\建树\1获取与清理\demo.py", line 47, in record是一个字典，比较重要的键有‘count’，值为记录数目；eGQueryResult的值为一个列表，列表元素为字典，每个字典记录了一个数据库的搜索信息。
windows10 安装pip biopython
常玉俊bioinfo
08-29 2264
@Date: 2017-08-29 09:37:52安装pip 安装biopython 参考文献1. 安装pip如果环境变量中没有python请自行安装，从官网下载源文件，下载地址为pip,下载压缩文件pip-9.0.1.tar.gz。解压缩后利用CMD环境进入该文件夹，运行命令python setup.py install完成pip安装。 不过此时并不能运行pip，需要修改环境变量，把python
Windows下载安装python
ShuaiLan_hh的博客
05-31 132
进入官网点击downloads，选择需要的Windows版本，下载。Win+R，输入cmd进入命令终端后，输入python -V。如果能弹出你安的python版本信息，则安装成功。1.下载python。
如何在Windows系统中安装Biopython库，并确保其兼容Python 3.7版本？
最新发布
10-28
为了确保Biopython库与Python 3.7版本兼容并正确安装在Windows系统中，你应该遵循以下步骤： 参考资源链接：[Python库：生物信息学工具Biopython 1.75版本下载安装](https://wenku.csdn.net/doc/5aitniuiqg) 首先，...
PyPI 官网下载 | biopython-1.70-cp36-cp36m-win32.whl
02-14
"win32"表明这个软件包是为32位Windows系统设计的。 `.whl`文件是一种预编译的Python分发包格式，它允许用户无需额外的构建步骤就能直接安装。使用`pip`命令可以轻松地安装`.whl`文件，例如： ```bash pip install...
Python库 | biopython-1.78-cp37-cp37m-win32.whl
03-14
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最近因为上课需要安装Anaconda和Tensorflow，安装Anaconda后再使用Tensorflow官网提供的pip安装Tensorflow-GPU方法会出现如下错误： 解决方法：在安装命令行最后添加 --user即可，完整命令为：pip install tensorflow --user ...
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07-19
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biopython语言中文指南 这是一个应用比较广泛的语言 特别是生物信息学
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05-15
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03-03
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01-04
想要利用python处理生物序列方面的数据，biopython是十分好用的
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03-14 2118
本节解释了如何在你的机器上安装Biopython。它的安装非常简单，不会超过5分钟。
Windows下Python的安装
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07-15 231
Python 第一步： 官网下载 第二步:点击符合自己电脑操作系统的，点击Windows界面如下。 第三步：双击程序包，如下图。 第四步：选自动安装，等进度条走完，关闭窗口。选自定义安装，界面如下。 点击下一步,界面如下，默认路径是C:\Users\xxx\AppData\Local\Programs\Python\Python39，修改完路径后，点击Install，等进度条走完，关闭窗口。 第五步：在cmd窗口测试，输入python,出现如下图，成功。 ...
biopython的安装
chenzeyu110的博客
12-20 4539
集群下，安装biopython 直接使用pip工具，方便快捷 pip install biopython
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