GEO数据库中单细胞测序数据下载

• 首先GEO数据库是收集基因表达的数据库

        一般高通量测序文章发表时会将原始数据上传至GEO数据库并在文章中提供GSE 号，如果想对某些文章的数据进行在分析，可以在GEO数据库搜索文章中的GSE号。

        用户提供的原始数据有3种：Platform,Sample和Series。GEO数据库整理后的数据分为：数据集（datasets）和表达谱（profiles）。GEO数据库具体存放四类数据：GDS、GSE、GSM、和GPL。GDS号（GDSxxx）对应的一个同一平台的数据集， 包括微阵列和高通量测序产生的数据；GSE号（GSExxx）对应的是整个研究项目的系列的数据，可能涉及不同平台；GSM号（GSMxxx）是具体某个单一样品的数据信息，只能是单一平台的数据；GPL号（GPLxxx）对应平台的信息，例如Illumina测序平台型号、芯片型号等。

       一篇文章可以有一个或多个GSE数据集，一个GSE里可以有一个或多个GSM样本。多个研究的GSM样本可以根据研究目的整合为一个GDS，每个数据集有着自己对应的芯片平台（GPL），一个GSE里可能有多个平台测出的数据。