sta@ma@brain
从事核磁共振脑科学研究,在Nature communications等权威期刊发表磁共振相关研究成果。熟练掌握磁共振成像数据处理方法(T1w, fMRI, dWI)和统计检验方法。本博客以记录学习中的点滴,着重记录从影像数据处理软件安装,数据处理步骤,以及分析方法(图论,矩阵理论,统计检验方法,回归分析,机器学习等),希望对志同道合的有一定的帮助。
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为什么要把T1配准到fMRI?“T1 Coreg to Fun“: the individual structural T1w is coregistered to the mean fMR
因为fMRI缺少解剖细节,即使已经先配准到精细的解剖图像T1,但到后面再配准到MNI空间时都只能在大体轮廓上对准,而里面的解剖结果会非常不准确,所以后面生成的“fMRI空间→MNI空间”转换矩阵是很不精准的。为了解决这个问题,就需要先把T1配准到fMRI上,再把已经在fMRI空间的T1图像配准到MNI空间,这样得到的“fMRI空间→MNI空间”转换矩阵就更为准确,包括更多解剖结构的配准细节。有的小伙伴提出这样的疑问:一个样本的T1只有一个,而fMRI有多个,感觉应以T1为基准,把fMRI配准到T1更合理。原创 2024-04-03 09:47:27 · 346 阅读 · 0 评论 -
病例对照研究中,如何对年龄、性别、教育程度进行频数匹配?
我经常遇到的数据情形是,有两组被试,一组是病人组,一组是对照组,想研究的问题是两组被试在神经影像特征上的差异,以揭示疾病与大脑结构功能之间的关联。最近学习了一下使用MatchIt包(R环境)来匹配样本,发现匹配样本在理论上是一个比较复杂的问题,所以这里只是介绍一点很基础的内容,更详细的介绍见参考1。一类是分类匹配(stratum matching),根据协变量进行分类,然后把具有相同类别的被试进行匹配,比如根据年龄每一岁一个类别,属于同一个类别的被试就是匹配的,精确匹配(exact)方法就是属于这一类。原创 2023-02-20 14:51:33 · 3088 阅读 · 1 评论 -
如何提取差异脑区的灰质体积与临床量表算相关?——基于体素的形态学方法(VBM)
基于体素的形态学方法(VBM)是分析大脑解剖学(结构)差异最常用方法之一,其通过给大脑volume逐体素打标签(分类)的方式来进行组织分割,过程高度自动化,比传统的基于ROI先验假设的分析方式得到的结果,更加具有稳定性和可重复性。VBM可以定量地测量出脑组织中各组织成分的密度和体积,从而检测出局部脑区的特征和脑组织的成分差异。通过计算单位体积内体素的密度或脑区体积大小来对全脑结构图像进行自动测量的技术,能够全面、定量的完成对图像的分析,以显示脑形态学上的改变。......原创 2022-07-18 19:45:00 · 3289 阅读 · 1 评论 -
如何利用Dpabi,AFNI,FSL软件计算种子点的功能连接?
fsl_glm 得到的是线性回归系数(beta coefficient),由于在自变量和因变量标准化(均值为 0,标准差为 1)的情况下,简单线性回归的回归系数和皮尔逊相关系数是相同的,因此这是一种间接的方法。(3)上一步得到的 PCC.nii.gz 文件是 Harvard-Oxford 概率模板中的后扣带回,每个体素中的数值(1-100)表示该体素属于 PCC 的概率,反映 PCC 在不同被试中的变异大小,也表示我们对于某个体素属于PCC 的信心。接下来,我们来聊聊功能连接在数据处理里的具体应用。原创 2022-11-13 13:39:15 · 5342 阅读 · 3 评论 -
如何将fMRI 4D-nii文件转化为3D-nii文件
如何将4D-nii格式转化为3D-nii格式下面所放置的f3-c-sub001.nii为4D-nii文件,其为230个时间点。1、首先下载工具箱,地址为:4D-nii格式转化为3D-nii格式2、双击dcm2niigui.exe打开页面第二步,点击输出格式(Output Format)为:SPM8(3D NIFTI nii)第三步,把fMRI的4D-nii文件拖到打开的工具箱中即可完成格式的转换最后,转换成功如下所示。...原创 2022-03-30 19:37:06 · 3370 阅读 · 4 评论 -
DPABI详细使用教材——数据准备、预处理流程、数据分析流程
严老师的官方教程:官网DPABI(用于脑成像的数据处理和分析的工具箱)的下载和安装步骤,请参阅博客: 安装教材DPABI版本:V4.3_200401MATLAB版本:2018a目录一、数据准备二、预处理三、数据分析四、关于预处理流程五、其他设置一、数据准备(1)如果是数据的DICOM格式,整理成以下格式(注意文件夹的命名方式):如果觉得不是很清楚,可以在官网下载Demo数据(http://rfmri.org/DemoData),参照里面的文件格式进行整理即可。(2)如果数据是.翻译 2021-03-21 09:35:56 · 46514 阅读 · 32 评论 -
如何使用DPABI 进行核磁共振数据结果统计分析?
下面总结使用DPABI 的统计模块对MRI 图像进行统计分析的基本方法,并与SPM 的统计结果进行简单的对比。DPABI 的统计模块包含了常用的统计模型和多重比较校正方法、在控制协变量上也非常方便。DPABI 进行结果统计分析一、下载和安装 DPABI二、下载样例数据三、统计模型和多重比较校正四、DPABI 的统计主界面五、DPABI 的可视化主界面六、查看统计结果一、下载和安装 DPABI下载 DPABI 包,解压后将文件夹和子文件夹加入MATLAB 的搜索路径即可。具体安装方法详见 dpabi原创 2022-03-04 21:58:42 · 10766 阅读 · 12 评论 -
DPABISurf使用教材
严老师的官方教程:http://rfmri.org/CourseDPABISurf版本:dpabi50docker.tar.gzMATLAB版本:2018b一、数据准备(1)如果是数据的DICOM格式,整理成以下格式(注意文件夹的命名方式):如果觉得不是很清楚,可以在官网下载Demo数据(http://rfmri.org/DemoData),参照里面的文件格式进行整理即可。(2)如果数据是nii格式,整理成以下格式:这里没有使用官网的demo数据进行学习,而是..原创 2020-12-12 21:06:50 · 7094 阅读 · 23 评论 -
DPABISurf的安装及使用(windows系统)
DPABISurf的安装及使用(windows系统)STEP1: 在Windows搜索框中输入Hyper-V,进入Hyper-V管理器。设置虚拟硬盘和虚拟机的位置为D盘或其他非系统盘,并重新启动电脑。Hyper-V虚拟硬盘设置STEP2: 点击 DPABISURF 1.1 ,如下图所示,从而进入界面。DPABI界面STEP3:点击Install,进行官网下载和安装Docker。STEP4:设置Docker,分配核(CPU,4GB),Memory(10 GB)。需..原创 2020-12-11 20:13:33 · 6265 阅读 · 7 评论 -
DPABI(用于脑成像的数据处理和分析的工具箱)的下载和安装步骤
DPABI(用于脑成像的数据处理和分析的工具箱)的下载和安装步骤下载地址:http://rfmri.org/dpabi 安装步骤如下:把文件夹进行解压,拷贝到MATLAB的toolbox下,在MATLAB的路径设置中添加DPABI的子文件夹,然后在命令窗口中输入“ dpabi ”进行调用。 DPABI是GNU / GPL *工具箱,用于脑成像的数据处理和分析,是从DPARSF(静止状态fMRI的数据处理助手)演变而来的,包含DPABISurf 和BrainImageNet。在MATLAB的路径设置原创 2020-12-11 19:33:41 · 11656 阅读 · 7 评论 -
核磁共振数据中DCM图像的坐标系——从世界坐标系到图像坐标系的理解与转换,从矩阵坐标转换至MNI坐标
从矩阵坐标转换至MNI坐标假设矩阵坐标:X=3,Y = 5, Z = 6;方法一:mx = 90-3*(X-1); my = 3*(Y-1)-126; mz = 3*(Z-1) - 72;方法二:coor = Header.mat * [3,5,6,1]’ ; (PS: 此处Header是通过rest_ReadNiftImage函数读取.nii格式文件得到的头文件,在坐标后面补一个 1,形成 4*1的向量)DCM图像的坐标系的相关理解(世界坐标->图像坐标)dcm的坐标系原点是在左上角;像素间的转载 2021-05-09 20:31:39 · 1655 阅读 · 0 评论 -
如何提取核磁共振成像BOLD-fMRI信号,以及计算功能连接矩阵?
% Extract the Seed Time CoursesSeedSeries = [];MaskROIName=[];for iROI=1:length(ROIDef) IsDefinedROITimeCourse =0; if strcmpi(int2str(size(ROIDef{iROI})),int2str([nDim1, nDim2, nDim3])) %ROI Data MaskROI = ROIDef{iROI}; MaskRO转载 2021-05-09 19:29:36 · 3721 阅读 · 0 评论 -
磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging,MRI)学习资料汇总,包括:在线学习视频、网站、教材
下面给出MRI入门学习的资料,注本资料摘自于脑之说微信公众号磁共振成像学习资料汇总MRI在线视频教程MRI在线学习网站MRI书籍教材MRI在线视频教程1. 台湾國立陽明大學卢家锋教授的静息态fMRI技术分析视频教程详细讲解了静息态fMRI数据处理的方方面面,B站地址:https://www.bilibili.com/video/BV1Wt411c7kw?from=search&seid=56812899981937433462. Coursera网站上的MRI课程包括MRI的基础、fMR原创 2020-12-22 20:16:46 · 5313 阅读 · 0 评论