如何获取不同分区模板的基因表达矩阵，abagen: Allen 大脑图谱遗传数据工具箱的使用笔记

介绍

基因表达从根本上塑造了人类大脑的结构和功能结构。像Allen人脑图谱这样的开放获取转录组数据集提供了前所未有的能力来检查这些机制。abagen工具箱，这是一个用于处理转录组学数据的开放获取软件包，并使用它来检查方法可变性如何影响使用Allen人脑图谱的研究结果。

使用abagen工具箱进行标准化处理和报告

在我们所有的分析中，我们发现处理步骤和参数的选择对AHBA研究的统计结果有很大的影响。在这里，我们简要地强调了我们已经集成到abagen工具箱中的功能，以促进未来研究的标准化。

abagen 工具箱支持两个驱动的工作流：
（1）一个接受图谱并返回一个分割的、预处理的区域基因表达矩阵的工作流；

(2) 接受掩码并返回掩码内所有组织样本的预处理表达数据的工作流。 可以从命令行或 Python 终端通过一行代码调用工作流，使用 Desikan-Killiany 地图集以默认设置运行大约需要一分钟。 abagen的主要输出是单个脑区（或组织样本）×基因表达矩阵。 更改参数可能会修改矩阵的形状（例如，不同的地图集会产生不同数量的区域或样本）或不同的值（例如，不同的处理选择可能会产生不同数量的基因），但不会改变结构。 这些工作流程的输出通常可用于检查 AHBA 启用的三个原型研究问题：相关基因表达、基因共表达和更广泛的感兴趣基因的区域表达。

The abagen toolbox supports two use-case driven wor