DBSCAN聚类算法Python实现

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原理

DBSCAN是一种基于密度的聚类算法,这类密度聚类算法一般假定类别可以通过样本分布的紧密程度决定。同一类别的样本,他们之间的紧密相连的,也就是说,在该类别任意样本周围不远处一定有同类别的样本存在。
通过将紧密相连的样本划为一类,这样就得到了一个聚类类别。通过将所有各组紧密相连的样本划为各个不同的类别,则我们就得到了最终的所有聚类类别结果。

一些概念

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x1是核心对象,x2由x1密度直达,x3由x1密度可达,x3与x4密度相连

伪码

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Python代码

from sklearn import datasets
import numpy as np
import random
import matplotlib.pyplot as plt
import time
import copy
 
 
def find_neighbor(j, x, eps):
    N = list()
    for i in range(x.shape[0]):
        temp = np.sqrt(np.sum(np.square(x[j]-x[i])))  # 计算欧式距离
        if temp <= eps:
            N.append(i)
    return set(N)
 
 
def DBSCAN(X, eps, min_Pts):
    k = -1
    neighbor_list = []  # 用来保存每个数据的邻域
    omega_list = []  # 核心对象集合
    gama = set([x for x in range(len(X))])  # 初始时将所有点标记为未访问
    cluster = [-1 for _ in range(len(X))]  # 聚类
    for i in range(len(X)):
        neighbor_list.append(find_neighbor(i, X, eps))
        if len(neighbor_list[-1]) >= min_Pts:
            omega_list.append(i)  # 将样本加入核心对象集合
    omega_list = set(omega_list)  # 转化为集合便于操作
    while len(omega_list) > 0:
        gama_old = copy.deepcopy(gama)
        j = random.choice(list(omega_list))  # 随机选取一个核心对象
        k = k + 1
        Q = list()
        Q.append(j)
        gama.remove(j)
        while len(Q) > 0:
            q = Q[0]
            Q.remove(q)
            if len(neighbor_list[q]) >= min_Pts:
                delta = neighbor_list[q] & gama
                deltalist = list(delta)
                for i in range(len(delta)):
                    Q.append(deltalist[i])
                    gama = gama - delta
        Ck = gama_old - gama
        Cklist = list(Ck)
        for i in range(len(Ck)):
            cluster[Cklist[i]] = k
        omega_list = omega_list - Ck
    return cluster
 
 
X1, y1 = datasets.make_circles(n_samples=2000, factor=.6, noise=.02)
X2, y2 = datasets.make_blobs(n_samples=400, n_features=2, centers=[[1.2, 1.2]], cluster_std=[[.1]], random_state=9)
X = np.concatenate((X1, X2))
eps = 0.08
min_Pts = 10
begin = time.time()
C = DBSCAN(X, eps, min_Pts)
end = time.time()
plt.figure()
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=C)
plt.show()

效果

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选用iris鸢尾花数据集更改

Python

from sklearn.datasets import load_iris
X = load_iris().data

缺点

参数敏感Eps , MinPts ,若选取不当 ,会造成聚类质量下降。

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### 回答1: DBSCAN是一种密度聚类算法,可以通过Python代码实现。以下是一个使用Python实现DBSCAN算法的示例代码: ```python from sklearn.cluster import DBSCAN from sklearn import datasets import matplotlib.pyplot as plt # 导入数据集 iris = datasets.load_iris() X = iris.data # 构建DBSCAN聚类模型 dbscan = DBSCAN(eps=0.4, min_samples=5) dbscan.fit(X) # 打印聚类标签 print("聚类标签: ", dbscan.labels_) # 绘制聚类结果 colors = ['b', 'g', 'r', 'c', 'm', 'y', 'k'] for i in range(len(X)): plt.scatter(X[i][0], X[i][1], c=colors[dbscan.labels_[i]]) plt.show() ``` 在这个示例中,我们使用Scikit-learn库中的DBSCAN模块进行聚类。首先,我们从Scikit-learn库中导入DBSCAN和数据集。然后,我们设置聚类模型的超参数,包括eps和min_samples。接下来,我们使用模型拟合数据,并打印每个点的聚类标签。最后,我们使用Matplotlib库绘制数据点和聚类结果。 ### 回答2: DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)是一种基于密度的聚类算法,它能够发现任意形状的聚类簇,并且可以自动识别出噪声点。 以下是一个DBSCAN聚类算法Python代码示例: ```python import numpy as np from sklearn.cluster import DBSCAN from sklearn.datasets import make_moons import matplotlib.pyplot as plt # 生成用于聚类的样本数据(示例数据) X, _ = make_moons(n_samples=200, noise=0.05, random_state=0) # 初始化DBSCAN聚类dbscan = DBSCAN(eps=0.3, min_samples=5) # 执行聚类 labels = dbscan.fit_predict(X) # 绘制聚类结果 unique_labels = set(labels) colors = [plt.cm.Spectral(each) for each in np.linspace(0, 1, len(unique_labels))] for k, col in zip(unique_labels, colors): if k == -1: # 噪声点(标签为-1)用黑色表示 col = [0, 0, 0, 1] class_member_mask = (labels == k) xy = X[class_member_mask] plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=tuple(col), markeredgecolor='k', markersize=6) plt.title('DBSCAN Clustering') plt.show() ``` 上述代码首先使用 `make_moons` 函数生成了一个样本数据集(只包含特征数据)。然后,使用 `DBSCAN` 类初始化了一个DBSCAN聚类器,将 `eps` 参数设置为0.3(表示两个样本之间的最大距离)和 `min_samples` 参数设置为5(表示核心样本的最小数量)。接下来,使用 `fit_predict` 方法执行聚类,返回每个样本的所属聚类簇标签(包括噪声点,标签为-1)。最后,根据聚类结果使用不同颜色绘制样本数据的散点图。 这段代码的作用是通过DBSCAN算法对于样本数据进行聚类,并使用散点图可视化聚类结果。 ### 回答3: DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)是一种经典的聚类算法,用于对具有高密度区域和低密度区域的数据进行聚类。下面是一个用Python实现DBSCAN聚类算法的示例代码: ```python import numpy as np from sklearn.cluster import DBSCAN # 创建样本数据 X = np.array([[1, 2], [1, 4], [1, 0], [4, 2], [4, 4], [4, 0], [7, 2], [7, 4], [7, 0]]) # 创建DBSCAN聚类模型 dbscan = DBSCAN(eps=2, min_samples=2) # 进行聚类 labels = dbscan.fit_predict(X) # 打印每个样本的聚类结果 for i in range(len(X)): print("样本", X[i], "聚类结果:", labels[i]) ``` 在这个示例中,我们首先创建了一个样本数据矩阵X,其中每行表示一个样本。接下来,我们使用`DBSCAN()`函数创建了一个DBSCAN聚类模型。`eps`参数用于指定邻域的半径大小,`min_samples`参数用于指定一个核心点所需的最小邻域样本数。然后,我们调用模型的`fit_predict()`方法对样本进行聚类,并将聚类结果存储在`labels`变量中。最后,我们遍历每个样本,并打印其聚类结果。 需要注意的是,以上代码中使用的是`sklearn`库中的`DBSCAN`类来实现DBSCAN算法。该类提供了丰富的参数和方法,可以根据需要进行调整和使用。

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