python-opencv 处理dicom格式图片

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jan  5 11:18:11 2019

@author: shenfangyuan

pip install pydicom
pip install dicom

1,本程序使用SimpleITK软件处理dicom格式的医学图片
2,dicom格式的医学图片数据类型是int32,所以为了运算,需要转换为float类型
3,数据有"负数值",而且数据动态范围也比较大,这里我用了简单的方法,把数据范围映射到0-1之间
  的浮点数.因为我对数据情况不熟,因此采用了简单的转换算法
  img_tmp = (img_tmp-img_tmp.min())/(img_tmp.max()-img_tmp.min())
  感觉这样处理的图片有点"发白"
4,待数据处理之后,使用img_tmp = (img_tmp*255).astype(np.uint8)转换为opencv可以显示和
  存储的格式

"""
import SimpleITK as sitk
import pydicom
import os
import numpy as np
import dicom
import matplotlib.pyplot as plt
import cv2
filename = 'anxuexin040.dcm'

def loadFile(filename): #读取dcm文件中的图片内容
    ds = sitk.ReadImage(filename) #用SimpleITK读取 dcm格式的文件
    img_array = sitk.GetArrayFromImage(ds) #获取文件中图片的raw原始数据
    frame_num, width, height = img_array.shape #获取图片的尺寸
    return img_array, frame_num, width, height #返回图片及尺寸信息

def loadFileInformation(filename): #读取dcm文件中的信息字段说明信息
    information = {}
    ds = pydicom.read_file(filename,force=True)
    information['PatientID'] = ds.PatientID
    information['PatientName'] = ds.PatientName
    information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate
    information['PatientSex'] = ds.PatientSex
    information['StudyID'] = ds.StudyID
    information['StudyDate'] = ds.StudyDate
    information['StudyTime'] = ds.StudyTime
    information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName
    information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer
#    information['NumberOfFrames'] = ds.NumberOfFrames    
    return information

info = loadFileInformation(filename) #调用函数,获取图片的文件头说明信息,我这里没用

img_tmp = np.zeros([512,512]) #初始化缓冲区域

img_array, frame_num, width, height = loadFile(filename)
print('frame_num',frame_num,'width',width,'height',height)
#获取图片内容及维度信息
img_tmp = img_array[0,:,:] #把数据从(1,512,512)转换为(512,512)
img_tmp = img_tmp.astype(np.float32) #把数据从 int32转为 float32类型
img_tmp = (img_tmp-img_tmp.min())/(img_tmp.max()-img_tmp.min())
#把数据范围变为0--1浮点,或许还有其他转换方法,效果能更好一些.

img_tmp = (img_tmp*255).astype(np.uint8) #转换为0--256的灰度uint8类型

#plt.imshow(img_tmp,cmap='gray')
cv2.imwrite('dicom.jpg',img_tmp)
cv2.imshow('img_mha',img_tmp)  #图片显示
cv2.waitKey(0)  #等待用户输入
cv2.destroyAllWindows()  #注销显示的窗口