首先在下载plinkio的过程中遇到了问题
在查阅各种资料之后发现要下载wheel文件,在PyPI plinkio · PyPI中找到了,之后将文件名改成plinkio-0.9.8-cp312-cp312-win_amd64.whl后运行
pip install plinkio-0.9.8-cp312-cp312-win_amd64.whl
没有报错了。
但是 下一步又报错了!
pip install ldpred
ldpred coord --help
仔细检查scipy的文件中确实没有isfinite函数,又查资料发现可以将sum_stats_parsers.py文件中的from scipy import isfinite 改成
from numpy import isfinite
但是下一步又出现了新的问题
查看Plinkio的文件夹里,关于cplinkio的文件只有一个cplinkio.cpython-38-darwin.os文件,而这是一个针对 Darwin(macOS) 系统编译的 .so
文件,而不是 Windows 系统下所需的 .pyd
文件。到处都找不到.pyd文件呀!我看到github上有一个cplinkio文件libplinkio/py-plinkio/src at master · mfranberg/libplinkio · GitHub,把这个文件下载到plinkio文件夹里再次运行,啊啊啊啊终于成功了!!!
一个小小安装包,花了我两三天的时间,真是崩溃!不过还好最后发现了怎么办!!!供大家参考!
注意:ldpred文件夹中sum_stats_parsers.py还有一些错误包括,
from scipy import isfinite
要改成
import numpy as np
from numpy import isfinite
下面有一句也要改
return np.sign(raw_beta) * abs_beta/ np.sqrt(N)