genotype imputation网页版 前期数据处理

代码参考：plink格式数据依据染色体拆分数据、依据染色体合并数据 - 小鲨鱼2018 - 博客园 (cnblogs.com)

http://t.csdnimg.cn/hpSGy

有些在我的电脑上不能运行，所以稍微修改。

首先，我的电脑是Windows系统，在WSL上操作的。

在工作目录下，将芯片数据按染色体拆分：

for i in `seq 22`;do plink2 --bfile Forward --chr $i --recode vcf --out chr$i;done

先下载好vcftools和tabix两个工具参考http://t.csdnimg.cn/hpSGy，（tabix只能在linux下运行）压缩：

 for i in {1..22}; do vcf-sort chr$i.vcf | bgzip -c > chr$i.vcf.gz; done

tabix安装教程（来源于chatGPT）

在 Windows 上安装 Tabix，通常建议使用 Windows Subsystem for Linux (WSL) 来创建一个兼容 Linux 的环境。这样可以直接运行许多原本只能在 Linux 下运行的软件和工具。下面是通过 WSL 安装 Tabix 的详细步骤：

### 步骤 1: 安装 WSL

1. **启用 WSL：**
   打开 PowerShell 并以管理员身份运行以下命令来启用 Windows Subsystem for Linux 功能：

   ```powershell
   wsl --install
   ```

   这将安装 WSL 并默认安装 Ubuntu Linux 发行版。如果这是你第一次安装 WSL，系统会提示你从 Microsoft Store 选择并下载一个 Linux 发行版。

2. **设置 Linux 发行版：**
   安装完成后，启动你的 Linux 发行版，系统会提示你创建一个用户账户和密码。

### 步骤 2: 安装必要的依赖和 Tabix

1. **更新你的包管理器：**
   打开 Linux 终端，更新你的包列表：

   ```bash
   sudo apt update
   ```

2. **安装编译工具和 zlib 库：**
   在 Linux 终端执行以下命令安装必要的编译工具和 zlib 开发库：

   ```bash
   sudo apt install build-essential zlib1g-dev git
   ```

3. **下载和编译 Tabix：**
   从 GitHub 克隆 HTSlib（Tabix 的一部分），然后编译和安装：

   ```bash
   git clone https://github.com/samtools/htslib.git
   cd htslib
   autoheader
   autoconf
   ./configure
   make
   sudo make install
   ```

   这些命令会编译 HTSlib 和 Tabix，并将它们安装到系统路径中。

### 步骤 3: 测试 Tabix

1. **测试 Tabix 是否正确安装：**
   在你的 Linux 终端中输入以下命令以检查 Tabix 是否安装成功：

   ```bash
   tabix
   ```

   如果安装成功，你应该看到 Tabix 的使用说明和参数选项。

### 注意事项

- 确保你的 Windows 版本支持 WSL 2，这通常需要 Windows 10 更新版本 2004 及以上。
- 在使用 Tabix 处理文件时，确保你的文件位于 Linux 文件系统中，这样可以获得更好的性能。WSL 可以访问 Windows 文件系统，但是通过 `/mnt/c`（C盘）等路径访问 Windows 文件。

这就是在 Windows 上安装并使用 Tabix 的详细步骤。如果在安装或使用过程中遇到任何问题，可以查看错误信息或在相应的开源社区寻求帮助。