实现TIMER源代码

要求：下载TIMER 源代码（CancerImmunePipeline.R），并以一种癌型数据为例，实现源代码，并获得Fmat结果

一、获取源代码

1.1 在NCBI上找到TIMER相关文献

1.2 往下滑找到source code并下载

二、准备需要的数据集

2.1 通过GDAC firehose获取RNA-seq或Affymetrix阵列分析的基因表达数据

2.1.1 GDAC firehose下载数据
进入GDAC firehose
点击进入GDAC firehose
进入下载网址
点击下载

根据要求选择相应的数据进行下载
###请先下载所有数据矩阵(最好是RSEM，如果没有，那么是RPKM)并转换成acc.Rdata格式(其中acc是癌症的缩写，小写，下同)，然后存入一个名为“RNAseq”的文件夹。###

用R语言将其转换成Rdata格式

2.1.2 TCGA数据下载
###所有癌症的临床数据应从TCGA公共ftp: https://tcga-data.nci.nih.gov/tcgafiles/ftp_auth/distro_ftpusers/anonymous/tumor/XXXX/bcr/nationwidechildrens.org/bio/clin/下载。将“XXXX”替换为所需的癌症缩写，并选择以“patient_XXXX.txt”结尾的临床文件的最新版本。请将所有临床资料文件放入“Clinical”文件夹。###
官网下载
bing上搜索 TCGA GDC进入TCGA官方下载网址，进入网页后点击Repository，cases和file选择相应的选项（files 的data category要选择clinical），add all files to cart 后点下载clinical的键
按要求放入Clinical文件夹
2.1.2 肿瘤纯度信息和免疫细胞表达文件信息下载
进入http://cistrome.org/TIMER/download.html
下载related data file 4和related data file 3并分别命名为“AGP”和“immune datasets”
2.1.3 下载补充表
###Rooney et al.2015, Cell下载补充表S5，并将其转换为文本文件(mmc5.txt)，并将其放入名为“virus”的文件夹中。###
经搜索文章标题为“Molecular and genetic properties of tumors associated with local immune cytolytic activity”；点开free PMC，下载S5

2. 准备所需的R包。定时器分析需要大量的R包，包括:ggplot2、ppcor、reshape2、survival、qvalue和CHAT。在运行R代码之前，请确保已经安装了这些包。

3. 将步骤1中的所有文件夹放入一个名为“data”的文件夹中。下载R代码，并将两个.R文件放在’data’文件夹的同一级别上。在这个级别上创建一个名为“results/”的新文件夹。在results/下创建23个文件夹，每个文件夹的名称都是小写的cancer缩写。每种癌症的分析结果将写入相应的文件夹中。请下载相关数据文件5，并置于与R代码相同级别。完成此步骤后，当前文件夹应该有2个文件夹(数据和结果)、1个Rdata文件和2个R代码。
   

4. 输入:cc=‘XXXX’ ##将XXXX替换为你想要的癌症缩写cur.dir=‘Path_to_your_current_directory’ source(’ cancerimmunepineine .R’)打开R控制台，输入:setwd(Path_to_your_current_directory&quot) source(‘SummarizeResults.R’) R代码将迭代分析每个癌症，并将统计结果和诊断数字放入results/XXXX/文件夹中.

5. 最终输出结果
   
   
   注：好难呀，老师，很可能是错的