TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

欢迎关注”生信修炼手册”!

TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件，输入肿瘤样本的基因表达谱数据，预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成，支持以下6种免疫细胞的分析

1. B cell

2. CD8+ T cell

3. CD4+ T cell

4. Macrophage

5. Neutrophil

6. Dendritic cell

通过该软件对TCGA中的肿瘤样本的表达谱数据进行分析，将肿瘤浸润的免疫细胞与基因的表达量，基因突变，体细胞拷贝数变异等数据相关联，所有的结果整理成了一个综合性的网站，网址如下

https://cistrome.shinyapps.io/timer/

对应的文章链接如下

http://cancerres.aacrjournals.org/content/canres/77/21/e108.full.pdf

该网站分成了以下几个模块

1. Gene

查看TCGA不同肿瘤中，免疫细胞以及肿瘤纯度与基因表达量的相关性，结果示意如下

2. Survival

利用浸润的免疫细胞和基因表达量等信息进行生存分析，给出了cox回归模型的公式，示意如下